PDB-5yxa: Crystal structure of the C-terminal fragment of NS1 protein from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yxa

タイトル

Crystal structure of the C-terminal fragment of NS1 protein from yellow fever virus

要素

Non-structural protein 1

キーワード

VIRAL PROTEIN / yellow fever virus / NS1

機能・相同性

機能・相同性情報

: / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Yellow fever virus (黄熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, H. / Song, H. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the C-terminal fragment of NS1 protein from yellow fever virus.
著者: Wang, H. / Han, M. / Qi, J. / Hilgenfeld, R. / Luo, T. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Song, H.

履歴

登録	2017年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yxa.cif.gz	280.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yxa.ent.gz	229.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yxa_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yxa_full_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示
XML形式データ	5yxa_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	5yxa_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/5yxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/5yxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iy3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oig-2 4oie-1 2vj5-2 5x8y-d 2ohe-d 3i0m-d 4oig-1 6m97-d 3i0n-2 5iy3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (43) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1

C: Non-structural protein 1

D: Non-structural protein 1

79.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Non-structural protein 1

D: Non-structural protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Non-structural protein 1

C: Non-structural protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.291, 114.104, 139.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Non-structural protein 1 / NS1 分子量: 19982.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A161I252, UniProt: Q1X881*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.0M Tris, 1.0M Bicine pH 8.5, 0.12M of an alcohols (0.2M 1,6-hexanediol, 0.2M 1-butanol, 0.2M 1,2-propanediol, 0.2M 2-propanol, 0.2M 1,4-butanediol, 0.2M 1,3-propanediol), 18% PEG-MME 500, 18% PEG 20K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 55378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 22.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5462 / CC_1/2: 0.917 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IY3

5iy3

解像度: 2.1→41.612 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	2805	5.07 %
R_work	0.2228	-	-
obs	0.2246	55274	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5420	0	0	120	5540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5592
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.995	7588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.983	2016
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	816
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0959-2.1321	0.3526	131	0.3166	2541	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1321-2.1709	0.3573	148	0.3007	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1709-2.2126	0.3079	146	0.274	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2126-2.2578	0.337	122	0.2827	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2578-2.3069	0.3305	135	0.2767	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3069-2.3605	0.3405	145	0.27	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3605-2.4195	0.3209	163	0.2777	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4195-2.485	0.2954	127	0.2649	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.485-2.5581	0.3345	128	0.2709	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5581-2.6406	0.2887	139	0.2608	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6406-2.735	0.2905	141	0.2543	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.735-2.8445	0.3277	135	0.2571	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8445-2.9739	0.2849	151	0.2536	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9739-3.1306	0.2558	136	0.2479	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1306-3.3267	0.2842	135	0.256	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3267-3.5834	0.264	152	0.2318	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5834-3.9438	0.2277	142	0.2059	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9438-4.5139	0.1955	131	0.166	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5139-5.6847	0.2183	145	0.1636	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6847-41.6207	0.2126	153	0.1905	2831	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8153	0.15	-0.6185	0.7231	-0.0189	1.625	-0.0664	0.1418	-0.1396	-0.0369	0.0843	-0.005	0.1675	0.0698	0	0.3603	0.0195	-0.0139	0.3065	-0.0255	0.3441	27.2805	-2.5055	-8.1425
2	1.395	-0.2516	-0.6507	1.0278	0.7911	1.4976	0.0534	-0.1153	-0.0674	0.161	-0.0693	-0.0515	0.1362	-0.2082	0	0.3385	-0.0402	-0.0069	0.4192	-0.0312	0.3602	1.3747	-6.4013	-31.5789
3	1.1139	0.1603	0.0931	3.423	-2.3459	1.9495	0.0644	0.1322	0.2069	-0.2251	0.1393	0.3839	0.1363	0.1415	0.0976	0.3094	0.0078	-0.0385	0.2843	0.0768	0.4146	15.11	23.1076	1.7056
4	0.8446	-0.1388	0.4963	0.5451	-0.0178	1.2356	-0.1339	0.0275	0.2297	0.1097	-0.0238	-0.1859	-0.5752	0.4231	-0.0039	0.6293	-0.1386	-0.0728	0.5037	-0.0503	0.4854	21.1826	15.5662	-42.4514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)