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- PDB-5ywz: AID-SUN tandem of SUN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ywz
タイトルAID-SUN tandem of SUN1
要素SUN domain-containing protein 1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / LINC complex / SUN proteins / SUN1 / autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / outer acrosomal membrane / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / nuclear envelope organization / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / nuclear inner membrane ...nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / outer acrosomal membrane / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / nuclear envelope organization / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / response to mechanical stimulus / protein-membrane adaptor activity / ossification / nuclear envelope / spermatogenesis / chromosome, telomeric region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1, N-terminal / Mitochondrial RNA binding protein MRP / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
SUN domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xu, Y. / Li, W. / Feng, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Key R&D Program of China2017YFA0503501 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural conservation of the autoinhibitory domain in SUN proteins
著者: Xu, Y. / Li, W. / Ke, H. / Feng, W.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0851
ポリマ－27,0851
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.636, 73.636, 97.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 1 / Protein unc-84 homolog A / Sad1/unc-84 protein-like 1


分子量: 27084.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sun1, Unc84a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D666
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.3, 0.6M MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 18348 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1810.30.70717790.9640.2310.7440.929100
2.18-2.2610.30.59818230.9690.1950.631.032100
2.26-2.3710.30.49218040.980.160.5180.948100
2.37-2.4910.30.38217840.9860.1250.4030.934100
2.49-2.6510.30.30218250.9910.0980.3170.94100
2.65-2.8510.20.19318310.9960.0630.2030.944100
2.85-3.1410.20.13318350.9970.0440.141.049100
3.14-3.599.90.0918440.9970.030.0951.224100
3.59-4.529.70.06118700.9980.0210.0641.195100
4.52-509.60.03319530.9990.0110.0350.54699.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ED8

5ed8


解像度: 2.2→34.442 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 773 4.94 %
Rwork0.1808 --
obs0.1829 15636 97.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.9 Å2 / Biso mean: 27.6922 Å2 / Biso min: 11.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→34.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1908 0 0 182 2090
Biso mean---31.86 -
残基数----242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1052660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.444710
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2004-2.33820.27081180.23562149226787
2.3382-2.51870.31111280.213524762604100
2.5187-2.77210.23571310.19825302661100
2.7721-3.1730.19851450.178224792624100
3.173-3.99660.19521360.165325522688100
3.9966-34.44630.21311150.165626772792100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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