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- PDB-5yvl: Crystal structure of a cyclase Hpiu5 from Fischerella sp. ATCC 43239 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yvl
タイトルCrystal structure of a cyclase Hpiu5 from Fischerella sp. ATCC 43239
要素cyclase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase
機能・相同性metal ion binding / 12-epi-hapalindole C/U synthase
機能・相同性情報
生物種Fischerella sp. ATCC 43239 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.059 Å
データ登録者Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement
著者: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cyclase
B: cyclase
C: cyclase
D: cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,78215
ポリマ－98,1004
非ポリマー68111
水9,476526
1
A: cyclase
B: cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3317
ポリマ－49,0502
非ポリマー2805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
2
C: cyclase
D: cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4518
ポリマ－49,0502
非ポリマー4016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.390, 114.311, 132.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 28 through 225)
21chain B
31(chain C and resid 28 through 225)
41(chain D and resid 28 through 225)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 28 - 225 / Label seq-ID: 26 - 223

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 28 through 225)AA
2chain BBB
3(chain C and resid 28 through 225)CC
4(chain D and resid 28 through 225)DD

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要素

#1: タンパク質
cyclase / HpiU5


分子量: 24525.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella sp. ATCC 43239 (バクテリア)
遺伝子: hpiU5 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A076NBW8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / Mosaicity: 1.047 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M sodium chloride, 20%(w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.059→25 Å / Num. obs: 56433 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 33.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.294 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.06-2.133.60.48355080.8310.2880.5661.28194.1
2.13-2.223.70.39254510.8860.230.4571.28692.9
2.22-2.323.70.31553820.9290.1820.3661.31691.8
2.32-2.443.80.2353450.970.130.2661.39591.1
2.44-2.593.80.16854060.9810.0950.1941.45791.6
2.59-2.83.90.11855510.9890.0660.1361.35694.2
2.8-3.084.30.06756750.9970.0350.0761.26195.7
3.08-3.524.60.04958650.9980.0240.0551.74298.3
3.52-4.434.80.02860170.9990.0130.0311.242100
4.43-254.60.018623310.0090.020.72599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YVK

5yvk


解像度: 2.059→24.993 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 1997 3.54 %
Rwork0.1789 --
obs0.1809 56358 94.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.93 Å2 / Biso mean: 38.2123 Å2 / Biso min: 20.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.059→24.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6205 0 68 526 6799
Biso mean--53.3 42.57 -
残基数----803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4978721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0623713
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3696X-RAY DIFFRACTION10.4TORSIONAL
12B3696X-RAY DIFFRACTION10.4TORSIONAL
13C3696X-RAY DIFFRACTION10.4TORSIONAL
14D3696X-RAY DIFFRACTION10.4TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0591-2.13260.27481940.24265274546893
2.1326-2.2180.31991930.23465256544993
2.218-2.31880.30281910.22445188537992
2.3188-2.4410.30951890.21275153534291
2.441-2.59380.23731920.19195220541292
2.5938-2.79380.29671960.21025346554294
2.7938-3.07450.24852010.19865470567196
3.0745-3.51830.24312070.18055659586698
3.5183-4.42870.20322130.1558006013100
4.4287-24.99440.19452210.153359956216100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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