+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6al7 | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure HpiC1 F138S | ||||||||||||||||||
Components | 12-epi-hapalindole C/U synthase | ||||||||||||||||||
Keywords | ISOMERASE / cyclase | ||||||||||||||||||
Function / homology | metal ion binding / 12-epi-hapalindole C/U synthase Function and homology information | ||||||||||||||||||
Biological species | Fischerella sp. ATCC 43239 (bacteria) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.687 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Newmister, S.A. / Li, S. / Garcia-Borras, M. / Sanders, J.N. / Yang, S. / Lowell, A.N. / Yu, F. / Smith, J.L. / Williams, R.M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, 5items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Structural basis of the Cope rearrangement and cyclization in hapalindole biogenesis. Authors: Newmister, S.A. / Li, S. / Garcia-Borras, M. / Sanders, J.N. / Yang, S. / Lowell, A.N. / Yu, F. / Smith, J.L. / Williams, R.M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6al7.cif.gz | 172.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6al7.ent.gz | 134.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6al7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6al7_validation.pdf.gz | 467.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6al7_full_validation.pdf.gz | 479.2 KB | Display | |
Data in XML | 6al7_validation.xml.gz | 32.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6al7_validation.cif.gz | 46.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/6al7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/6al7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5wppC 5wprC 5wpsC 5wpuC 6al6C 6al8C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24465.020 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 26-227 / Mutation: F138S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fischerella sp. ATCC 43239 (bacteria) / Gene: hpiU5 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A076NBW8 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% MEPEG 5000, 100 mM BisTris pH 6.5, 5% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.03 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 7, 2017 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.687→46.2 Å / Num. obs: 112827 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 6.9 % / Net I/σ(I): 16.37 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.687→46.196 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.12 Å2 / Biso mean: 49.4195 Å2 / Biso min: 23.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.687→46.196 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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