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- PDB-5yvf: Crystal structure of BFA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yvf
タイトルCrystal structure of BFA1
要素BFA1
キーワードPLANT PROTEIN / ATP synthase / assembly / fba1
機能・相同性Domain of unknown function DUF3598, Biogenesis factor required for ATP synthase 1-like / : / Domain of unknown function (DUF3598), N-terminal / Biogenesis factor required for ATP synthase 1, C-terminal domain / chloroplast fission / Calycin / Glutamate NMDA receptor subunit epsilon-1, putative (DUF3598) / Glutamate NMDA receptor subunit epsilon-1, putative (DUF3598)
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Pu, H. / Zhang, L. / Duan, Z.K. / Peng, L.W. / Liu, L.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2018
タイトル: Nucleus-Encoded Protein BFA1 Promotes Efficient Assembly of the Chloroplast ATP Synthase Coupling Factor 1.
著者: Zhang, L. / Pu, H. / Duan, Z. / Li, Y. / Liu, B. / Zhang, Q. / Li, W. / Rochaix, J.D. / Liu, L. / Peng, L.
履歴
登録2017年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BFA1
B: BFA1
C: BFA1
D: BFA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,8084
ポリマ－167,8084
非ポリマー00
水88349
1
A: BFA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9521
ポリマ－41,9521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BFA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9521
ポリマ－41,9521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BFA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9521
ポリマ－41,9521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BFA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9521
ポリマ－41,9521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.925, 134.628, 149.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
BFA1


分子量: 41951.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g29185, AXX17_At3g32040
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A178VCD5, UniProt: F4J1U2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.3, 0.3 M MgCl2, 28% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 40170 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.122 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 293124
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.8-2.97.40.99139400.7240.3890.79999.6
2.9-3.027.40.66639490.8680.260.86899.70.715
3.02-3.157.40.44939460.9280.1760.95699.70.482
3.15-3.327.40.29639950.9620.1161.08299.70.319
3.32-3.537.40.20839630.9810.0821.16899.70.223
3.53-3.87.40.14839960.990.0581.14299.90.159
3.8-4.187.40.11140020.9940.0431.0899.90.119
4.18-4.797.30.07940390.9980.0311.09299.90.085
4.79-6.037.20.08840710.9960.0351.3561000.095
6.03-506.60.06842690.9980.0291.70899.60.074

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.804→46.728 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 2001 5 %
Rwork0.2209 --
obs0.2229 40030 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.2 Å2 / Biso mean: 30.8599 Å2 / Biso min: 10.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.804→46.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10074 0 0 49 10123
Biso mean---22.92 -
残基数----1270
LS精密化 シェル解像度: 2.804→2.8742 Å / Rfactor Rfree: 0.3647 / Rfactor Rwork: 0.3353
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.5093 Å / Origin y: -0.996 Å / Origin z: -7.2642 Å
111213212223313233
T0.1331 Å2-0.0114 Å20.0007 Å2-0.148 Å2-0.0069 Å2--0.1331 Å2
L0.216 °20.0202 °20.1119 °2-0.2282 °20.0924 °2--0.1858 °2
S0.0581 Å °-0.015 Å °0.0547 Å °0.018 Å °-0.086 Å °0.0015 Å °0.042 Å °0.0059 Å °0.0178 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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