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- PDB-5yv9: Structure of CaMKK2 in complex with CKI-009 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yv9
タイトルStructure of CaMKK2 in complex with CKI-009
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / KINASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein kinase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Activation of AMPK downstream of NMDARs / cellular response to reactive oxygen species ...regulation of protein kinase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Activation of AMPK downstream of NMDARs / cellular response to reactive oxygen species / calcium-mediated signaling / MAPK cascade / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-91O / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Niwa, H. / Handa, N. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Graph.Model. / 年: 2020
タイトル: Protein ligand interaction analysis against new CaMKK2 inhibitors by use of X-ray crystallography and the fragment molecular orbital (FMO) method.
著者: Takaya, D. / Niwa, H. / Mikuni, J. / Nakamura, K. / Handa, N. / Tanaka, A. / Yokoyama, S. / Honma, T.
履歴
登録2017年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年6月10日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2935
ポリマ－33,7121
非ポリマー5814
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.823, 78.017, 83.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2 / CaMKK 2 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase beta / CaMKK beta


分子量: 33711.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMKK2, CAMKKB, KIAA0787 / プラスミド: PX070406-05 / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義)
参照: UniProt: Q96RR4, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-91O / 5-chloro-2-methoxy-4[(1Z)-3-(4-methoxyphenyl)-3-oxoprop-1-en-1-yl]aminobenzoic acid


分子量: 361.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16ClNO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na cocodylate pH 6.5, 0.2M Na acetate, 20% PEG 8000, 0.03M Glycyl-glycyl-glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 15204 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.102 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 757 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 1.237 / Rsym value: 1.149 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZV2

2zv2


解像度: 2.53→36.882 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 24.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 764 5.03 %
Rwork0.1675 --
obs0.17 15167 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→36.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 38 79 2211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9292941
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7191318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5157-2.60560.37911360.28572561X-RAY DIFFRACTION94
2.6056-2.70990.28181530.25882706X-RAY DIFFRACTION99
2.7099-2.83320.35071220.23012678X-RAY DIFFRACTION99
2.8332-2.98250.28071560.21392698X-RAY DIFFRACTION99
2.9825-3.16930.31591470.20072686X-RAY DIFFRACTION99
3.1693-3.41380.24691590.18952673X-RAY DIFFRACTION99
3.4138-3.75710.21891450.16322712X-RAY DIFFRACTION99
3.7571-4.30.17911450.13562730X-RAY DIFFRACTION100
4.3-5.41480.18211180.13282733X-RAY DIFFRACTION99
5.4148-36.88640.16491430.14232712X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.02880.1121-0.02547.9239-1.77398.34290.01790.78250.1336-1.40310.0942-0.45080.63370.4799-0.12650.6221-0.01260.03880.5929-0.04570.38413.1996-9.1475-34.6051
22.46410.16660.26894.3101-1.49855.07040.04780.09570.0616-0.38550.10120.00560.0270.3057-0.13960.2943-0.0229-0.00070.3599-0.05320.42960.4914-14.8807-17.6817
36.8375-1.5889-0.22033.9632-0.25762.94460.024-0.48310.42960.45780.0906-0.1927-0.18140.5327-0.14350.3945-0.0752-0.01370.5288-0.08060.32324.5105-15.3592-1.0471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 161 through 243 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 244 through 386 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 387 through 448 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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