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- PDB-5yug: AtVAL1 PHD-Like domain in the P31 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yug
タイトルAtVAL1 PHD-Like domain in the P31 space group
要素B3 domain-containing transcription repressor VAL1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / H3K27me3 / PHD / VAL1 / PHD-Like domain / Histone modification
機能・相同性
機能・相同性情報


response to sucrose / response to abscisic acid / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
B3 domain-containing transcription repressor VAL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Zhang, M.M. / Wu, B.X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AtVAL1 PHD-Like domain in the P31 space group
著者: Zhang, M.M. / Wu, B.X.
履歴
登録2017年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen / struct
Item: _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _struct.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
B: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
E: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
G: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,01418
ポリマ－49,0454
非ポリマー96914
水2,504139
1
G: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
ヘテロ分子

A: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0079
ポリマ－24,5222
非ポリマー4857
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
2
B: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
E: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0079
ポリマ－24,5222
非ポリマー4857
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.228, 52.228, 121.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
B3 domain-containing transcription repressor VAL1 / Protein HIGH-LEVEL EXPRESSION OF SUGAR-INDUCIBLE 2 / Protein VP1/ABI3-LIKE 1


分子量: 12261.192 Da / 分子数: 4 / 断片: PHD-Like domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VAL1, HSI2, At2g30470, T6B20.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8W4L5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97737 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 51823 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.57→26.114 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 2595 5.02 %
Rwork0.2203 --
obs0.222 51702 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→26.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 24 139 3119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9154070
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1881792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5698-1.59830.25041070.20782441X-RAY DIFFRACTION93
1.5983-1.62910.2921300.20492646X-RAY DIFFRACTION100
1.6291-1.66230.23511520.19672539X-RAY DIFFRACTION100
1.6623-1.69850.23511530.19632613X-RAY DIFFRACTION100
1.6985-1.7380.19221400.18722596X-RAY DIFFRACTION100
1.738-1.78140.26441340.20152556X-RAY DIFFRACTION100
1.7814-1.82960.23911400.20922585X-RAY DIFFRACTION100
1.8296-1.88340.22221780.20162582X-RAY DIFFRACTION100
1.8834-1.94420.2941690.22632591X-RAY DIFFRACTION100
1.9442-2.01360.25421440.21562546X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.09420.23231480.21922624X-RAY DIFFRACTION100
2.0942-2.18950.28011100.21652591X-RAY DIFFRACTION100
2.1895-2.30480.30331360.23242572X-RAY DIFFRACTION100
2.3048-2.44920.2654920.23672630X-RAY DIFFRACTION100
2.4492-2.63810.25471660.24392571X-RAY DIFFRACTION100
2.6381-2.90330.28231220.23342615X-RAY DIFFRACTION100
2.9033-3.32260.28251180.24272590X-RAY DIFFRACTION100
3.3226-4.18340.25911260.21632613X-RAY DIFFRACTION100
4.1834-26.11760.20591300.20912606X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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