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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yug | ||||||
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タイトル | AtVAL1 PHD-Like domain in the P31 space group | ||||||
要素 | B3 domain-containing transcription repressor VAL1 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / H3K27me3 / PHD / VAL1 / PHD-Like domain / Histone modification (ヒストン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to sucrose / response to abscisic acid / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, M.M. / Wu, B.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: AtVAL1 PHD-Like domain in the P31 space group 著者: Zhang, M.M. / Wu, B.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yug.cif.gz | 90.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yug.ent.gz | 68.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yug | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12261.192 Da / 分子数: 4 / 断片: PHD-Like domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: VAL1, HSI2, At2g30470, T6B20.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8W4L5 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97737 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97737 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 51823 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.63 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.57→26.114 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.79
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→26.114 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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