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- PDB-5yu7: CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yu7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5
要素Exportin-5
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / nuclear export signal receptor activity / miRNA metabolic process / RISC complex / RNA export from nucleus / MicroRNA (miRNA) biogenesis / protein export from nucleus ...RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / nuclear export signal receptor activity / miRNA metabolic process / RISC complex / RNA export from nucleus / MicroRNA (miRNA) biogenesis / protein export from nucleus / small GTPase binding / tRNA binding / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-5, C-terminal domain / Exportin-5 family / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant ...Exportin-5, C-terminal domain / Exportin-5 family / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Yamazawa, R. / Jiko, C. / Lee, S.J. / Yamashita, E.
資金援助 日本, 韓国, 4件
組織認可番号国
MEXT22121006 日本
JSPS22370041 日本
JSPS21227003 日本
NRFMEST 2011-0017405 韓国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Selective Binding of Export Cargoes by Exportin-5
著者: Yamazawa, R. / Jiko, C. / Choi, S. / Park, I.Y. / Nakagawa, A. / Yamashita, E. / Lee, S.J.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22021年7月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exportin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4551
ポリマ－136,4551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area50580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)286.163, 286.163, 59.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Exportin-5 / Exp5 / Ran-binding protein 21


分子量: 136454.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPO5, KIAA1291, RANBP21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAV4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.07 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Tacsimate, MPD, MgCl2, DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 42325 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.845 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2056 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A6P

3a6p


解像度: 3.301→41.304 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 2156 5.1 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.2011 42295 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.301→41.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8937 0 0 0 8937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44212330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5535582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3007-3.37740.35181380.31372628X-RAY DIFFRACTION100
3.3774-3.46190.31281550.2872657X-RAY DIFFRACTION100
3.4619-3.55540.30641440.25512648X-RAY DIFFRACTION100
3.5554-3.660.26331540.23462663X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.7780.25171410.22242662X-RAY DIFFRACTION100
3.778-3.9130.24461420.20222684X-RAY DIFFRACTION100
3.913-4.06950.26671620.20512632X-RAY DIFFRACTION100
4.0695-4.25450.19351330.17722713X-RAY DIFFRACTION100
4.2545-4.47860.23151520.1832657X-RAY DIFFRACTION100
4.4786-4.75880.18781330.17452677X-RAY DIFFRACTION100
4.7588-5.12560.20881570.18082685X-RAY DIFFRACTION100
5.1256-5.64030.26661160.20572730X-RAY DIFFRACTION100
5.6403-6.45380.27861180.22562758X-RAY DIFFRACTION100
6.4538-8.12090.24271620.21252706X-RAY DIFFRACTION100
8.1209-41.30730.1871490.17322639X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 121.8252 Å / Origin y: 41.236 Å / Origin z: -3.8069 Å
111213212223313233
T1.3847 Å2-0.0017 Å2-0.3483 Å2-0.7982 Å20.1041 Å2--1.0115 Å2
L2.2352 °2-1.504 °2-0.6245 °2-2.4257 °2-0.1146 °2--0.6133 °2
S-0.2062 Å °-0.0127 Å °1.0053 Å °0.1069 Å °0.4364 Å °-0.2684 Å °-0.3489 Å °-0.1843 Å °-0.2132 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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