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- PDB-5yu1: Structural basis for recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yu1
タイトルStructural basis for recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-2,4-diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase
要素Lysine cyclodeaminase
キーワードLYASE / L-lysine cyclodeaminase / Streptomyces pristinaespiralis
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine cyclodeaminase activity / ornithine cyclodeaminase / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / (2S)-piperidine-2-carboxylic acid / Lysine cyclodeaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.923 Å
データ登録者Min, K.J. / Yoon, H.J. / Matsuura, A. / Kim, Y.H. / Lee, H.H.
引用ジャーナル: Mol. Cells / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-2,4-diamino Butyric Acid by Lysine Cyclodeaminase.
著者: Min, K. / Yoon, H.J. / Matsuura, A. / Kim, Y.H. / Lee, H.H.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine cyclodeaminase
B: Lysine cyclodeaminase
C: Lysine cyclodeaminase
D: Lysine cyclodeaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,61216
ポリマ－146,3494
非ポリマー3,26212
水22,2311234
1
A: Lysine cyclodeaminase
B: Lysine cyclodeaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8068
ポリマ－73,1752
非ポリマー1,6316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
2
C: Lysine cyclodeaminase
D: Lysine cyclodeaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8068
ポリマ－73,1752
非ポリマー1,6316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9190 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)271.362, 64.537, 106.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-778-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Lysine cyclodeaminase


分子量: 36587.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア)
遺伝子: pipA, SPRI_0308, SPRI_7045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9UBW0, ornithine cyclodeaminase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-YCP / (2S)-piperidine-2-carboxylic acid / L-ピペコリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 129.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM CAPSO buffer (pH 9.6), 0.2M Li2SO4, 0.9M Na-K tartrate, 2% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 134717 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 39.6
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 12 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.923→31.416 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 6783 5.04 %
Rwork0.1661 --
obs0.1677 134631 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.923→31.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10292 0 216 1234 11742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97314640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5266388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9229-1.94480.28692000.26084017X-RAY DIFFRACTION93
1.9448-1.96770.23182240.19784222X-RAY DIFFRACTION99
1.9677-1.99160.22652450.1794179X-RAY DIFFRACTION99
1.9916-2.01690.22842360.1684231X-RAY DIFFRACTION99
2.0169-2.04340.2112110.17264282X-RAY DIFFRACTION99
2.0434-2.07140.22382280.18544223X-RAY DIFFRACTION99
2.0714-2.1010.2132190.16544218X-RAY DIFFRACTION99
2.101-2.13230.18032350.16394246X-RAY DIFFRACTION100
2.1323-2.16560.19132140.15734313X-RAY DIFFRACTION100
2.1656-2.20110.21412200.16394247X-RAY DIFFRACTION100
2.2011-2.23910.23092120.17974268X-RAY DIFFRACTION99
2.2391-2.27980.28642190.2394277X-RAY DIFFRACTION100
2.2798-2.32360.20672480.1684269X-RAY DIFFRACTION100
2.3236-2.3710.20212210.16444291X-RAY DIFFRACTION100
2.371-2.42260.21722410.16654269X-RAY DIFFRACTION100
2.4226-2.47890.19262300.16334292X-RAY DIFFRACTION100
2.4789-2.54080.20742270.16674251X-RAY DIFFRACTION100
2.5408-2.60950.19272330.1724297X-RAY DIFFRACTION100
2.6095-2.68630.21022290.16744303X-RAY DIFFRACTION100
2.6863-2.77290.20752460.16934250X-RAY DIFFRACTION100
2.7729-2.8720.22342590.16414255X-RAY DIFFRACTION100
2.872-2.98690.20572500.16984280X-RAY DIFFRACTION100
2.9869-3.12270.17612290.16374302X-RAY DIFFRACTION100
3.1227-3.28720.19792090.15894325X-RAY DIFFRACTION100
3.2872-3.49290.19382050.15624346X-RAY DIFFRACTION100
3.4929-3.76210.16722190.14714344X-RAY DIFFRACTION100
3.7621-4.140.17522400.14264288X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.73730.16172500.13774262X-RAY DIFFRACTION99
4.7373-5.96180.19361970.16814377X-RAY DIFFRACTION99
5.9618-31.42030.20331870.18914124X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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