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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ytq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of TTHA0139 L34A with Lanthanum from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | TTHA0139 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / RHH superfamily / DNA binding / protein phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | LANTHANUM (III) ION / Transcriptional regulator![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Takao, K. / Inoue, M. / Fukui, K. / Yano, T. / Masui, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of TTHA0139 L34A with Lanthanum from Thermus thermophilus HB8 著者: Takao, K. / Inoue, M. / Fukui, K. / Yano, T. / Masui, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8661.925 Da / 分子数: 3 / 変異: L34A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0139 / プラスミド: pET 11a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-LA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 11.4mg/mL, 3.2M Sodium chloride, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 4% 2,5 Hexanediol, 10mM Lanthanum nitrate hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 10313 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 43.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.43 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.255 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 470 / CC1/2: 0.953 / Rpim(I) all: 0.395 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.393→34.844 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.3952 Å / Origin y: 31.5475 Å / Origin z: 14.5139 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |