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- PDB-5ysx: Structure of P domain of GII.2 Noroviruses -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ysx
タイトルStructure of P domain of GII.2 Noroviruses
要素VP1
キーワードCELL ADHESION / GII.2 Noroviruses / P dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Norovirus GII (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.202 Å
データ登録者Duan, Z. / Ao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Special National Project on Research and Development of Key Biosafety TechnologiesGrant No. 2016YFC1201900 中国
引用ジャーナル: J. Infect. Dis. / 年: 2018
タイトル: Genetic Analysis of Reemerging GII.P16-GII.2 Noroviruses in 2016-2017 in China.
著者: Ao, Y. / Cong, X. / Jin, M. / Sun, X. / Wei, X. / Wang, J. / Zhang, Q. / Song, J. / Yu, J. / Cui, J. / Qi, J. / Tan, M. / Duan, Z.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1491
ポリマ－34,1491
非ポリマー00
水7,584421
1
A: VP1

A: VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2982
ポリマ－68,2982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-y,x-y-1,z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)96.534, 96.534, 64.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-445-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 34149.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus GII (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: A0A1X9W7M5, UniProt: A0A2R3BZ02*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6, 8% w/v Polyethylene Glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 99924 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.1 % / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RPB

4rpb


解像度: 1.202→28.361 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1671 5012 5.02 %
Rwork0.154 --
obs0.1547 99924 93.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.06 Å2 / Biso mean: 24.0283 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.202→28.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 0 421 2833
Biso mean---33.41 -
残基数----309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0793434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.065903
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.6789-1.73310.16021910.14913372
2.1834-2.35190.16181530.1443440
2.9626-3.73120.16131740.14313487
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.8021 Å / Origin y: -38.8937 Å / Origin z: 10.3564 Å
111213212223313233
T0.1271 Å2-0.031 Å2-0.0031 Å2-0.114 Å20.0017 Å2--0.102 Å2
L0.4305 °20.2025 °2-0.0331 °2-0.5361 °20.1441 °2--0.6568 °2
S-0.0707 Å °0.0632 Å °0.0063 Å °-0.1301 Å °0.0511 Å °-0.0315 Å °-0.0773 Å °0.003 Å °-0.0224 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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