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万見
- PDB-5ysc: Crystal Structure of periplasmic Vitamin B12 binding protein BtuF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ysc
タイトルCrystal Structure of periplasmic Vitamin B12 binding protein BtuF of Vibrio cholerae
要素Vitamin B12-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Vitamin B12 / ABC trasporter / periplasmic protein / Vibrio cholerae
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin transport / cobalamin binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter, vitamin B12-binding protein / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANOCOBALAMIN / Vitamin B12-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.673 Å
データ登録者Agarwal, S. / Ghosh, B. / Dasgupta, J.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Mechanistic basis of vitamin B12 and cobinamide salvaging by the Vibrio species.
著者: Agarwal, S. / Dey, S. / Ghosh, B. / Biswas, M. / Dasgupta, J.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02021年8月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0053
ポリマ－30,5521
非ポリマー1,4522
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.877, 55.877, 279.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Vitamin B12-binding protein


分子量: 30552.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: btuF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5F5P5
#2: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.8M ammonium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.0) were equilibrated against a 1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→47.68 Å / Num. obs: 31146 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.08 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 14.08 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N2Z

1n2z


解像度: 1.673→47.68 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 2000 6.45 %
Rwork0.1972 --
obs0.1992 31023 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.673→47.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2125 0 5 219 2349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0632193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d3.0333028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.175799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.374328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6731-1.7150.2991290.25991875X-RAY DIFFRACTION93
1.715-1.76130.32221400.23612031X-RAY DIFFRACTION100
1.7613-1.81320.26191390.23352021X-RAY DIFFRACTION100
1.8132-1.87170.30771410.23572052X-RAY DIFFRACTION100
1.8717-1.93860.29181400.22172025X-RAY DIFFRACTION100
1.9386-2.01620.22731410.21092041X-RAY DIFFRACTION100
2.0162-2.1080.23841400.22262037X-RAY DIFFRACTION100
2.108-2.21910.24551420.20632059X-RAY DIFFRACTION100
2.2191-2.35810.22771430.20492072X-RAY DIFFRACTION100
2.3581-2.54020.23091440.20332101X-RAY DIFFRACTION100
2.5402-2.79580.24571440.20522091X-RAY DIFFRACTION100
2.7958-3.20030.21691460.1922104X-RAY DIFFRACTION100
3.2003-4.03170.221500.17322178X-RAY DIFFRACTION100
4.0317-47.6990.17671610.17182336X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.592 Å / Origin y: 12.228 Å / Origin z: -10.6972 Å
111213212223313233
T0.0894 Å20.0047 Å2-0.0054 Å2-0.0671 Å20.0185 Å2--0.087 Å2
L0.2447 °2-0.2515 °20.1321 °2-0.3697 °2-0.4903 °2--0.4879 °2
S-0.0579 Å °-0.0232 Å °-0.0239 Å °0.1032 Å °-0.0018 Å °-0.0171 Å °-0.0258 Å °0.033 Å °-0.1535 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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