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- PDB-5ys6: Structure of the ectodomain of pseudorabies virus glycoproten B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ys6
タイトルStructure of the ectodomain of pseudorabies virus glycoproten B
要素PRV glycoproten B
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome / host cell Golgi apparatus / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH-domain like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein gB / GB
類似検索 - 構成要素
生物種Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hu, X.L. / Yang, F.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Two classes of protective antibodies against pseudorabies virus variant glycoprotein B: implications for vaccine design
著者: Li, X.D. / Yang, F.L. / Hu, X.L.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRV glycoproten B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4581
ポリマ－78,4581
非ポリマー00
水00
1
A: PRV glycoproten B

A: PRV glycoproten B

A: PRV glycoproten B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,3733
ポリマ－235,3733
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area33440 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area81320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.288, 100.288, 272.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PRV glycoproten B / Envelope glycoprotein B / gB


分子量: 78457.734 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: gB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A1Q0AKY3, UniProt: T2FL65*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.46 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 34% PEG 200, 0.1 M citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 18750 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 15.779
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GUM

2gum


解像度: 3.1→35.569 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 958 5.12 %
Rwork0.2271 --
obs0.229 18723 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→35.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4582 0 0 0 4582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9826359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4471727
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039691
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004835
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0891-3.25190.37461660.3322492X-RAY DIFFRACTION99
3.2519-3.45550.35171390.28732547X-RAY DIFFRACTION100
3.4555-3.7220.33331510.25752532X-RAY DIFFRACTION100
3.722-4.09610.30161380.24362515X-RAY DIFFRACTION100
4.0961-4.68760.23891130.19842581X-RAY DIFFRACTION100
4.6876-5.90150.24711330.21612543X-RAY DIFFRACTION100
5.9015-35.57120.2011180.1982555X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 93.7403 Å / Origin y: 55.2084 Å / Origin z: 25.0454 Å
111213212223313233
T0.3091 Å2-0.0412 Å20.0256 Å2-0.3724 Å2-0.0181 Å2--0.4394 Å2
L0.391 °2-0.0731 °2-0.2566 °2-0.3464 °2-0.0637 °2--0.3916 °2
S-0.1041 Å °-0.0517 Å °-0.0112 Å °0.08 Å °-0.0189 Å °0.0354 Å °0.0741 Å °0.0202 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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