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- PDB-5yrz: Toxin-Antitoxin complex from Streptococcus pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yrz
タイトルToxin-Antitoxin complex from Streptococcus pneumoniae
要素
  • HicA
  • HicB
キーワードANTITOXIN/HYDROLASE / Toxin / antitoxin / hydrolase / DNA / ANTITOXIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical protein. / HicA mRNA interferase family / HicA superfamily / HicA toxin of bacterial toxin-antitoxin, / HicB_like antitoxin of bacterial toxin-antitoxin system / TTHA1013/TTHA0281-like / Metal Transport, Frataxin; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YcfA-like protein / HicB-like antitoxin of toxin-antitoxin system domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.304 Å
データ登録者Kang, S.M. / Kim, D.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号
National Research Foundation of Korea2015R1A2A1A05001894 韓国
National Research Foundation of Korea2014K1A3A1A19067618 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2018
タイトル: Functional insights into the Streptococcus pneumoniae HicBA toxin-antitoxin system based on a structural study.
著者: Kim, D.H. / Kang, S.M. / Park, S.J. / Jin, C. / Yoon, H.J. / Lee, B.J.
履歴
登録2017年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HicB
B: HicA
C: HicB
D: HicA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9858
ポリマ-53,6044
非ポリマー3804
1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.263, 116.541, 42.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HicB


分子量: 16938.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1786 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2URC7
#2: タンパク質 HicA


分子量: 9863.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1787 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2URA5
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 24090 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.304→32.669 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 1228 5.11 %
Rwork0.2045 --
obs0.2061 24045 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.304→32.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3248 0 21 85 3354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9634497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8091236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3041-2.39630.33791180.25032434X-RAY DIFFRACTION97
2.3963-2.50530.29971350.23972512X-RAY DIFFRACTION100
2.5053-2.63730.26761360.24822503X-RAY DIFFRACTION100
2.6373-2.80250.30231470.24792473X-RAY DIFFRACTION100
2.8025-3.01870.27841510.24662521X-RAY DIFFRACTION100
3.0187-3.32220.26841460.22612518X-RAY DIFFRACTION100
3.3222-3.80240.21331340.19472550X-RAY DIFFRACTION100
3.8024-4.78820.18851250.16382587X-RAY DIFFRACTION100
4.7882-32.67250.19131360.18172719X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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