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- PDB-5yq5: Crystal structure of human osteomodulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yq5
タイトルCrystal structure of human osteomodulin
要素Osteomodulin
キーワードPROTEIN FIBRIL / collagen / fibril formation / regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CHST6 causes MCDC1 / Defective ST3GAL3 causes MCT12 and EIEE15 / keratan sulfate catabolic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate degradation / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / Keratan sulfate biosynthesis / regulation of bone mineralization / lysosomal lumen / Golgi lumen ...Defective CHST6 causes MCDC1 / Defective ST3GAL3 causes MCT12 and EIEE15 / keratan sulfate catabolic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate degradation / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / Keratan sulfate biosynthesis / regulation of bone mineralization / lysosomal lumen / Golgi lumen / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Osteomodulin / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Osteomodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Tashima, T. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
JSPS16H02420 日本
JSPS15K06962 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for governing the morphology of type-I collagen fibrils by Osteomodulin.
著者: Tashima, T. / Nagatoishi, S. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / Sagara, H. / Kusano-Arai, O. / Iwanari, H. / Mimuro, H. / Hamakubo, T. / Ohnuma, S.I. / Tsumoto, K.
履歴
登録2017年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Osteomodulin
B: Osteomodulin
C: Osteomodulin
D: Osteomodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,72319
ポリマ－200,6574
非ポリマー3,06615
水5,657314
1
A: Osteomodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0495
ポリマ－50,1641
非ポリマー8854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Osteomodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9235
ポリマ－50,1641
非ポリマー7594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Osteomodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8284
ポリマ－50,1641
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Osteomodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9235
ポリマ－50,1641
非ポリマー7594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.640, 110.700, 122.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLYGLYAA64 - 36362 - 361
21SERSERGLYGLYBB64 - 36362 - 361
12SERSERGLUGLUAA64 - 36462 - 362
22SERSERGLUGLUCC64 - 36462 - 362
13SERSERGLUGLUAA64 - 36462 - 362
23SERSERGLUGLUDD64 - 36462 - 362
14CYSCYSGLYGLYBB62 - 36360 - 361
24CYSCYSGLYGLYCC62 - 36360 - 361
15GLYGLYGLYGLYBB61 - 36359 - 361
25GLYGLYGLYGLYDD61 - 36359 - 361
16CYSCYSGLUGLUCC62 - 36460 - 362
26CYSCYSGLUGLUDD62 - 36460 - 362

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Osteomodulin / Keratan sulfate proteoglycan osteomodulin / KSPG osteomodulin / Osteoadherin / OSAD


分子量: 50164.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OMD, SLRR2C, UNQ190/PRO216
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99983
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM ammonium phosphate dibasic 24 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→35.19 Å / Num. obs: 101333 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.17→2.28 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 14545 / CC1/2: 0.609 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XKU

1xku


解像度: 2.17→35.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.636 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24526 5191 5.1 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.21837 96111 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.762 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.83 Å20 Å2-0.67 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.17→35.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9985 0 192 314 10491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01910493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7361.99714255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.048322512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8151223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.59325.328488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.143151892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3631524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7084.1824874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7064.1814873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3656.2596088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3656.2596089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7674.8955619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.764.8935612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3777.1088151
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.37949.07210999
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.38449.05710969
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A192440.09
12B192440.09
21A191520.1
22C191520.1
31A190660.1
32D190660.1
41B194040.09
42C194040.09
51B192600.1
52D192600.1
61C194840.09
62D194840.09
LS精密化 シェル解像度: 2.166→2.222 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 428 -
Rwork0.329 6901 -
obs--97.18 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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