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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ypl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NDM-1 bound to hydrolyzed imipenem representing an EP complex | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / NDM-1 / Imipenem / EP complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Feng, H. / Wang, D. / Liu, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The mechanism of NDM-1-catalyzed carbapenem hydrolysis is distinct from that of penicillin or cephalosporin hydrolysis. 著者: Feng, H. / Liu, X. / Wang, S. / Fleming, J. / Wang, D.C. / Liu, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 941.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 944.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 379分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HIW.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HIW.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 28% (w/v) PEG3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.8, 0.2M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97845 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→42.28 Å / Num. obs: 35229 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 6.36 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.44 % / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Rsym value: 0.555 / % possible all: 64.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4RL0 解像度: 1.8→42.28 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.73 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.28 Å
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