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- PDB-5ypi: Crystal structure of NDM-1 bound to hydrolyzed imipenem represent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ypi
タイトルCrystal structure of NDM-1 bound to hydrolyzed imipenem representing an EI1 complex
要素Metallo-beta-lactamase NDM-1
キーワードHYDROLASE / NDM-1 / Imipenem / EI1 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8YF / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Feng, H. / Wang, D. / Liu, W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The mechanism of NDM-1-catalyzed carbapenem hydrolysis is distinct from that of penicillin or cephalosporin hydrolysis.
著者: Feng, H. / Liu, X. / Wang, S. / Fleming, J. / Wang, D.C. / Liu, W.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase NDM-1
B: Metallo-beta-lactamase NDM-1
C: Metallo-beta-lactamase NDM-1
D: Metallo-beta-lactamase NDM-1
E: Metallo-beta-lactamase NDM-1
F: Metallo-beta-lactamase NDM-1
G: Metallo-beta-lactamase NDM-1
H: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,44041
ポリマ－205,0558
非ポリマー4,38533
水15,709872
1
A: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1765
ポリマ－25,6321
非ポリマー5444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
2
B: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1765
ポリマ－25,6321
非ポリマー5444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
3
C: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3087
ポリマ－25,6321
非ポリマー6766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
4
D: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1765
ポリマ－25,6321
非ポリマー5444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
5
E: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1725
ポリマ－25,6321
非ポリマー5404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
6
F: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0804
ポリマ－25,6321
非ポリマー4483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
7
G: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1765
ポリマ－25,6321
非ポリマー5444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
8
H: Metallo-beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1765
ポリマ－25,6321
非ポリマー5444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.380, 74.100, 154.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 25631.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7Y424, UniProt: E5KIY2*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 905分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-8YF / (2R)-2-[(2S,3R)-1,3-bis(oxidanyl)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-(2-methanimidamidoethylsulfanyl)-2,3-dihydro-1H-pyrrole -5-carboxylic acid / Imipenem, hydrolyzed form


分子量: 317.361 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 872 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.8, 0.2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.17 Å / Num. obs: 69446 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.94 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.32
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RL0

4rl0


解像度: 2.3→42.42 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 1988 2.87 %
Rwork0.1779 --
obs0.1796 69386 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13576 0 226 872 14674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84919199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8785098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.32121120.25084805X-RAY DIFFRACTION99
2.3575-2.42120.3041680.24184797X-RAY DIFFRACTION100
2.4212-2.49250.30411450.23514797X-RAY DIFFRACTION100
2.4925-2.57290.25381430.22344812X-RAY DIFFRACTION100
2.5729-2.66490.27351440.21764824X-RAY DIFFRACTION100
2.6649-2.77160.28491430.21134803X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-2.89770.29751430.20894808X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-3.05040.27141340.19874796X-RAY DIFFRACTION100
3.0504-3.24140.23591350.1924840X-RAY DIFFRACTION99
3.2414-3.49160.23461440.16394830X-RAY DIFFRACTION99
3.4916-3.84280.20471450.15124748X-RAY DIFFRACTION98
3.8428-4.39830.18991450.13924786X-RAY DIFFRACTION98
4.3983-5.53950.19671380.13714803X-RAY DIFFRACTION99
5.5395-42.42740.21851490.174949X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5023-0.3893-0.38090.60170.11970.4478-0.05280.54990.5381-0.34180.139-0.1334-0.26960.3523-0.00080.31160.04780.04090.3048-0.03580.3903-54.23091.3605-2.7362
21.7159-0.0608-0.24350.76890.31280.62390.00660.2686-0.5575-0.3111-0.2395-0.37320.1090.5712-0.0327-0.1524-0.14570.06580.39750.03120.4036-44.7285-5.19450.3016
31.282-0.08010.68160.9888-0.05911.7434-0.16330.07050.15720.09240.1181-0.0065-0.1655-0.0162-0.00010.16260.03110.0080.1637-0.02570.1782-56.5952-3.87235.3957
40.27950.2485-0.1450.2027-0.10250.127-0.0857-0.08680.0430.0519-0.01610.062-0.12160.03590.00010.31230.02-0.03830.2922-0.03450.3238-51.0439-11.380611.0292
50.4544-0.55840.05391.0207-0.64870.87330.168-0.0562-0.18940.40630.0152-0.11910.31750.11150.01090.2474-0.01460.02380.2046-0.00550.2485-55.6694-22.020910.6204
60.72920.49010.42060.6651-0.16670.69550.0425-0.4418-0.2373-0.08150.13540.15020.45980.01310.00160.3247-0.02870.02210.32310.00680.2102-58.7492-21.68193.2082
70.2958-0.20430.26730.5063-0.03450.32010.06150.1761-0.2859-0.223-0.0875-0.0490.0494-0.026800.2607-0.0251-0.00610.28310.00190.1984-56.2506-15.4764-5.6451
80.7140.02270.09080.5331-0.18971.5155-0.2727-0.07760.0117-0.8236-0.228-0.49370.7619-0.1424-0.02840.50790.04550.03780.3734-0.03330.445-41.5654-23.4105-5.1839
90.43340.2634-0.18080.8512-0.47090.8825-0.0264-0.0018-0.028-0.47530.0523-0.02140.31530.014300.33190.0315-0.0090.316-0.0030.2324-50.9683-20.9868-10.4945
100.3914-0.37920.00971.18510.19631.6374-0.15620.15130.87160.08340.0891-0.0942-0.34440.09170.0010.2045-0.0336-0.01020.3132-0.01020.3886-52.4337-3.1739-77.7959
111.20750.7282-0.78340.6159-0.32770.88910.10790.0920.38260.16610.01-0.1509-0.07960.0347-0.00010.29930.0437-0.01970.2868-0.06040.3107-59.1416-3.9141-69.8564
120.21670.2830.04640.4030.16820.0461-0.1211-0.30210.1361-0.19810.1558-0.2745-0.55930.2277-00.33810.0407-0.03820.3149-0.00050.349-52.1696-11.7378-66.021
13-0.0309-0.0245-0.06921.3626-0.68011.01310.2653-0.1443-0.14870.4289-0.1987-0.11850.2582-0.34020.00080.24260.00490.00360.3359-0.03330.2445-56.036-22.6132-66.642
140.33240.4085-0.28721.1183-0.52420.39690.13040.0829-0.05170.0692-0.118-0.1239-0.03150.007-0.00010.18340.03340.02410.3255-0.00910.2607-58.2891-19.7108-77.7783
150.52310.0489-0.21841.6893-0.05081.05430.06450.0617-0.0488-0.2233-0.0564-0.14110.10140.1830.00010.28530.01470.01480.3097-0.010.2467-48.8252-21.6067-86.3294
160.4375-0.38430.42230.5976-0.23280.47950.06270.4067-0.5522-0.6377-0.0780.2370.2488-0.1964-0.00040.67950.0491-0.02610.4131-0.01510.4412-49.8678-26.3819-41.3881
170.75580.2618-0.37510.5123-0.43462.12120.37870.2432-0.0038-0.1855-0.21630.04020.0763-0.28290.00440.46980.0022-0.07320.3458-0.02370.2264-55.2315-19.3936-38.3125
181.36320.269-0.53781.1389-0.15160.47690.1038-0.1465-0.2835-0.1538-0.1160.00380.52270.07240.00010.3690.0119-0.02180.24870.03440.196-46.4412-21.9291-31.5474
190.19820.0866-0.37530.5711-0.01730.6424-0.2832-0.2925-0.0370.38860.1128-0.1878-0.2061-0.0516-00.36110.02430.0010.2998-0.00170.2811-51.4155-9.9879-26.9515
200.22910.0130.19830.88940.05030.7627-0.0045-0.14150.01180.3202-0.08480.0113-0.23960.30660.00010.33680.00260.00040.3135-0.00920.2526-47.3203-2.3771-28.9301
211.31990.7239-0.7370.5045-0.1311.64450.0145-0.0924-0.1106-0.16220.01930.00740.07830.220300.4240.0384-0.03180.3063-0.00120.2179-46.2224-5.9414-39.1277
220.6905-0.0871-0.37960.6386-0.64490.9184-0.15010.01340.0211-0.28280.01540.0559-0.1646-0.32220.0010.4259-0.0167-0.01790.4690.03940.4857-62.5015-1.7202-43.3203
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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