PDB-5yol: Crystal structure of octameric form of Nucleoside diphosphate kin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yol

タイトル

Crystal structure of octameric form of Nucleoside diphosphate kinase from Acinetobacter baumannii at 2.2 A resolution

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Singh, P.K. / Sikarwar, J. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of octameric form of Nucleoside diphosphate kinase from Acinetobacter baumannii at 2.2 A resolution
著者: Singh, P.K. / Sikarwar, J. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2017年10月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yol.cif.gz	237.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yol.ent.gz	190 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yol_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yol_full_validation.pdf.gz	491.2 KB	表示
XML形式データ	5yol_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	5yol_validation.cif.gz	64 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/5yol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/5yol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s0mS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6aes-d 6vpf-d 6ay1-d 4bvh-d 2v7b-d 1hzv-1 6e8l-d 3a23-d 1hzu-1 5on8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

124 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.100, 69.930, 71.700
Angle α, β, γ (deg.)	80.51, 69.94, 89.76
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase 分子量: 15483.479 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ndk, A7A59_04275, A7M79_04705, A7M90_00500, A7N09_02655, AB895_2022, AB988_1826, AB994_3665, ABUW_3381, APD06_17770, AZE33_02560, B4R90_00300, B9X91_01430, B9X95_00285, BGC29_14850, CAS83_ ...遺伝子: ndk, A7A59_04275, A7M79_04705, A7M90_00500, A7N09_02655, AB895_2022, AB988_1826, AB994_3665, ABUW_3381, APD06_17770, AZE33_02560, B4R90_00300, B9X91_01430, B9X95_00285, BGC29_14850, CAS83_00635, CAS84_07305, CAT05_09960, CAT56_03875, CAT78_05970, CBE85_04645, CBI29_00577, IX87_17090, LV38_00051, NT90_02330 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VIC4, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES: 7.5, PEG400, 0.1MgCl2 / PH範囲: 5-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→66.322 Å / Num. obs: 56966 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.239 Å / R_merge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2842 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S0M

4s0m

解像度: 2.2→66.322 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 8.871 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2576	2739	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21281	-	-	-
obs	0.21502	54227	89.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.307 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	-0.09 Å²	0.86 Å²
2-	-	-0.9 Å²	0.34 Å²
3-	-	-	1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→66.322 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8704	0	12	500	9216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	8864
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.624	1.944	11960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.014	3	19208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.978	5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.975	23.725	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.15	15	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.309	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.463	4.06	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.462	4.06	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.162	6.071	5696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.162	6.071	5697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.472	4.611	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.472	4.611	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.955	6.694	6265
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.664	77.498	35991
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.643	77.454	35714
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8774	0.06
1	2	B	8774	0.06
2	1	A	8676	0.07
2	2	C	8676	0.07
3	1	A	8700	0.07
3	2	D	8700	0.07
4	1	A	8722	0.06
4	2	E	8722	0.06
5	1	A	8674	0.06
5	2	F	8674	0.06
6	1	A	8682	0.07
6	2	G	8682	0.07
7	1	A	8714	0.07
7	2	H	8714	0.07
8	1	B	8750	0.06
8	2	C	8750	0.06
9	1	B	8792	0.06
9	2	D	8792	0.06
10	1	B	8798	0.05
10	2	E	8798	0.05
11	1	B	8750	0.05
11	2	F	8750	0.05
12	1	B	8744	0.06
12	2	G	8744	0.06
13	1	B	8780	0.06
13	2	H	8780	0.06
14	1	C	8732	0.06
14	2	D	8732	0.06
15	1	C	8756	0.05
15	2	E	8756	0.05
16	1	C	8748	0.06
16	2	F	8748	0.06
17	1	C	8728	0.06
17	2	G	8728	0.06
18	1	C	8718	0.06
18	2	H	8718	0.06
19	1	D	8756	0.05
19	2	E	8756	0.05
20	1	D	8790	0.04
20	2	F	8790	0.04
21	1	D	8790	0.04
21	2	G	8790	0.04
22	1	D	8762	0.05
22	2	H	8762	0.05
23	1	E	8712	0.06
23	2	F	8712	0.06
24	1	E	8726	0.06
24	2	G	8726	0.06
25	1	E	8816	0.05
25	2	H	8816	0.05
26	1	F	8794	0.04
26	2	G	8794	0.04
27	1	F	8722	0.05
27	2	H	8722	0.05
28	1	G	8734	0.05
28	2	H	8734	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	219	-
R_work	0.32	3922	-
obs	-	-	87.34 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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