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- PDB-5ynt: Crystal structure of an aromatic prenyltransferase FAMD1 from Fis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ynt
タイトルCrystal structure of an aromatic prenyltransferase FAMD1 from Fischerella ambigua UTEX 1903
要素aromatic prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase
機能・相同性Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / AmbP3
機能・相同性情報
生物種Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Wang, J. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural insight into a novel indole prenyltransferase in hapalindole-type alkaloid biosynthesis.
著者: Wang, J. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Liu, W. / Ko, T.P. / Shang, N. / Hu, X. / Xie, Y. / Huang, J.W. / Zhang, Y. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aromatic prenyltransferase
B: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7698
ポリマ－73,9782
非ポリマー7926
水12,971720
1
A: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3964
ポリマ－36,9891
非ポリマー4073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3734
ポリマ－36,9891
非ポリマー3843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.398, 211.400, 82.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-720-

HOH

21A-772-

HOH

31B-715-

HOH

41B-741-

HOH

51B-861-

HOH

61B-862-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 aromatic prenyltransferase


分子量: 36988.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
遺伝子: ambP3 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5TDY7
#2: 化合物 ChemComp-DMA / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / ジメチルアリル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 % / Mosaicity: 0.249 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→25 Å / Num. obs: 76749 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.581 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 332166
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.79-1.854.30.25575280.9540.1390.2910.43899.3
1.85-1.934.30.20375950.9650.110.2320.491100
1.93-2.024.40.13976360.9850.0750.1580.494100
2.02-2.124.40.10176070.9890.0540.1150.545100
2.12-2.254.40.07576440.9950.040.0850.539100
2.25-2.434.40.0676480.9970.0320.0680.548100
2.43-2.674.40.04876630.9980.0260.0540.586100
2.67-3.064.40.03676890.9990.0190.0410.64899.9
3.06-3.854.30.03777460.9970.020.0420.99499.9
3.85-254.20.02379930.9990.0130.0260.52199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.79→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.103 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17062 3876 5.1 %RANDOM
Rwork0.10889 ---
obs0.11192 72853 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å2-0 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.79→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4884 0 49 720 5653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9496936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.778310718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8895615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55924.659249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65115807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5061520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.2242.0132457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1872.0122456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.95233067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9643.0013068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6922.4952646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.6922.4952646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1043.5313868
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.12940.60922554
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.8339.46721781
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.75239715
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.8835129
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.385510161
LS精密化 シェル解像度: 1.792→1.839 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 293 -
Rwork0.149 5183 -
obs--97.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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