[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5ynt: Crystal structure of an aromatic prenyltransferase FAMD1 from Fis... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ynt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of an aromatic prenyltransferase FAMD1 from Fischerella ambigua UTEX 1903 | ||||||
Components | aromatic prenyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / prenyltransferase | ||||||
Function / homology | Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / AmbP3 Function and homology information | ||||||
Biological species | Fischerella ambigua UTEX 1903 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 1.79 Å | ||||||
Authors | Wang, J. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. Biophys. Res. Commun. / Year: 2018 Title: Structural insight into a novel indole prenyltransferase in hapalindole-type alkaloid biosynthesis. Authors: Wang, J. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Liu, W. / Ko, T.P. / Shang, N. / Hu, X. / Xie, Y. / Huang, J.W. / Zhang, Y. / Guo, R.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ynt.cif.gz | 287.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5ynt.ent.gz | 233 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ynt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/5ynt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/5ynt | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 36988.867 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fischerella ambigua UTEX 1903 (bacteria) Gene: ambP3 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: V5TDY7 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.15 % / Mosaicity: 0.249 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL15A1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Sep 8, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.79→25 Å / Num. obs: 76749 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.581 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 332166 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 1.79→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.103 / SU ML: 0.056 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.087 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.163 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.79→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|