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万見
- PDB-5ynr: Solution Structure of glia maturation factor from Caenorhabditis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ynr
タイトルSolution Structure of glia maturation factor from Caenorhabditis elegans
要素Glia Mutation factor
キーワードPROTEIN BINDING / ADF-H
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament debranching / Neutrophil degranulation / Arp2/3 complex binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin binding
類似検索 - 分子機能
Glia maturation factor / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADF-H domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Maheshwari, D. / Shukla, V.K. / Kumar, D. / Arora, A.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2018
タイトル: Solution structure and dynamics of glia maturation factor from Caenorhabditis elegans
著者: Maheshwari, D. / Shukla, V.K. / Jain, A. / Tripathi, S. / Kumar, D. / Arora, A.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glia Mutation factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2031
ポリマ－16,2031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7630 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Glia Mutation factor


分子量: 16203.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: CELE_Y50D7A.10, Y50D7A.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IAA5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
132isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
143isotropic22D CBHD
153isotropic22D CBHE
1162isotropic23D HN(CA)CB
1152isotropic23D CBCA(CO)NH
1142isotropic23D HNCO
1132isotropic23D HN(CA)CO
1122isotropic23D HNCA
1112isotropic23D (H)CC(CO)NH
1102isotropic23D CC(CO)NH
192isotropic23D (H)CCH-TOCSY
181isotropic23D 1H-15N NOESY
173isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
163isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N95% H2O/5% D2O
solution220 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N, 13C95% H2O/5% D2O
solution320 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 100% D2O15N, 13C100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
0.1 %sodium azidenatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
0.1 %sodium azidenatural abundance3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES AND READ精密化
CYANA構造決定
CARA構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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