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- PDB-5ymt: Functional and structural characterization of P[19] rotavirus VP8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ymt
タイトルFunctional and structural characterization of P[19] rotavirus VP8* interaction with histo-blood group antigens
要素Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / Rotavirus / P[19] VP8*
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Human rotavirus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Sun, X. / Duan, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81472003; 31500139;81601813 中国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Glycan Binding Specificity and Mechanism of Human and Porcine P[6]/P[19] Rotavirus VP8*s.
著者: Sun, X. / Li, D. / Qi, J. / Chai, W. / Wang, L. / Wang, L. / Peng, R. / Wang, H. / Zhang, Q. / Pang, L. / Kong, X. / Wang, H. / Jin, M. / Gao, G.F. / Duan, Z.
履歴
登録2017年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
C: Outer capsid protein VP4
D: Outer capsid protein VP4
E: Outer capsid protein VP4
F: Outer capsid protein VP4
G: Outer capsid protein VP4
H: Outer capsid protein VP4
I: Outer capsid protein VP4
J: Outer capsid protein VP4
K: Outer capsid protein VP4
L: Outer capsid protein VP4
M: Outer capsid protein VP4
N: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,83317
ポリマ－253,71014
非ポリマー2,1233
水11,962664
1
A: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8302
ポリマ－18,1221
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8302
ポリマ－18,1221
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8302
ポリマ－18,1221
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1221
ポリマ－18,1221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.667, 131.667, 150.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Outer capsid protein VP4 / VP8*


分子量: 18122.115 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q9Q2P6
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2/a4-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol MME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 148275 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 15.231

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GJ6

5gj6


解像度: 2.199→39.907 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 6659 5.01 %
Rwork0.2261 --
obs0.2281 132870 89.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.81 Å2 / Biso mean: 35.4422 Å2 / Biso min: 5.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.199→39.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17906 0 144 664 18714
Biso mean--54.03 33.92 -
残基数----2240
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2319-0.0514-0.04830.1383-0.0720.13430.00380.0091-0.06620.06760.01580.06930.0158-0.02990.05910.10160.0077-0.0060.08520.00350.0608-32.6933-37.255716.6802
20.09770.0308-0.08370.0861-0.07340.39110.12370.06690.0453-0.10380.03360.1042-0.1213-0.14590.59240.16180.047-0.01190.08930.0033-0.1583-50.2782-3.99193.2562
30.11730.0026-0.080.2531-0.110.1710.00590.0650.0304-0.10410.0037-0.12660.04690.07290.00310.1312-0.0012-0.00970.1265-0.00250.114-14.0333-27.63741.0909
40.18350.03470.12760.10060.05410.12760.0884-0.03720.03230.0959-0.071-0.1315-0.13410.02690.06610.2353-0.03510.00270.11130.00630.0985-29.28185.80115.3415
50.0706-0.0158-0.00610.06080.10570.19520.0021-0.0063-0.0256-0.1064-0.01650.1841-0.04660.0327-0.01150.19940.0108-0.04390.1301-0.0030.1-79.6887-4.8154.9415
60.10.14570.01760.14070.01960.1139-0.02020.11030.0479-0.0090.04380.13810.0951-0.00770.02760.2546-0.057-0.03310.12280.05360.2321-19.671131.4422-4.0783
70.1430.04140.1580.09010.06230.167-0.12490.10810.2105-0.0950.09780.2454-0.10020.06470.0010.1689-0.0099-0.00670.18760.07210.3016-48.5353-8.068947.6587
80.12890.06330.0210.0970.0260.08060.0363-0.0039-0.16720.00580.00380.06610.030.055600.1965-0.0070.00060.13560.03620.2794-32.62310.26766.4542
90.28350.09120.21750.0560.01750.22910.0084-0.22490.02850.04580.0237-0.28040.058-0.04490.00760.20490.0711-0.02430.1965-0.03430.3807-77.7676-8.970163.5133
100.1818-0.059-0.00660.0139-0.01240.1021-0.06470.3526-0.1975-0.01440.0264-0.00190.0220.0223-0.00020.16390.00040.00960.3076-0.03890.2959-51.247731.488949.3621
110.3661-0.07660.06920.41270.12320.21350.20530.19590.0664-0.1346-0.1833-0.06540.0395-0.0809-0.02490.25280.08110.01790.1555-0.02250.1186-62.263927.9536-0.0007
120.10210.05690.04890.1776-0.05160.119-0.02360.09080.29770.028-0.0753-0.1728-0.04230.2611-0.07990.15280.01080.03570.3320.11010.2966-9.7901-27.114948.4368
130.15620.0980.0040.1186-0.05450.02420.00710.10090.0645-0.10140.03010.0025-0.00230.047300.1852-0.0222-0.03220.1681-0.02950.2404-49.2961-57.4703-3.5175
14-0.0035-0.01950.00910.04740.05380.02780.0803-0.18980.39640.01670.0209-0.1343-0.10080.04570.00030.2873-0.07180.04820.2908-0.06480.3935-37.21591.1013-45.2265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9chain I
10X-RAY DIFFRACTION10chain J
11X-RAY DIFFRACTION11chain K
12X-RAY DIFFRACTION12chain L
13X-RAY DIFFRACTION13chain M
14X-RAY DIFFRACTION14chain N

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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