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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ym0 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of DHAD | ||||||
![]() | Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic | ||||||
![]() | LYASE / weed herbicide resistance dehydatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydroxy-acid dehydratase / dihydroxy-acid dehydratase activity / embryo sac development / pollen development / root development / branched-chain amino acid biosynthetic process / hydro-lyase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / plastid ...dihydroxy-acid dehydratase / dihydroxy-acid dehydratase activity / embryo sac development / pollen development / root development / branched-chain amino acid biosynthetic process / hydro-lyase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / plastid / chloroplast stroma / amino acid biosynthetic process / response to salt stress / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / copper ion binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zang, X. / Huang, W.X. / Cheng, R. / Wu, L. / Zhou, J.H. / Tang, Y. / Yan, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of DHAD 著者: Zang, X. / Huang, W.X. / Cheng, R. / Wu, L. / Zhou, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 181.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67975.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DHAD, ILVD, At3g23940, F14O13.13 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 5.5, 1.2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96422 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 55067 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.7 % / Net I/σ(I): 22.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.842→28.9 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.89
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.842→28.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 37.082 Å / Origin y: -12.3852 Å / Origin z: -0.1633 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |