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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yjy | ||||||
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タイトル | Structure of the Ndi1 protein from Saccharomyces cerevisiae in complex with AC0-12. | ||||||
要素 | (Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase, ...) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / monotopic membrane protein / NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / NADH oxidation / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Yamasita, T. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Oohashi, T. / Iwata, S. / Yagi, T. / Kosaka, H. / Harada, S. / Kita, K. / Hirano, K. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Ubiquinone binding site of yeast NADH dehydrogenase revealed by structures binding novel competitive- and mixed-type inhibitors 著者: Yamashita, T. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Oohashi, T. / Iwata, S. / Yagi, T. / Kosaka, H. / Miyoshi, H. / Harada, S. / Kita, K. / Hirano, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yjy.cif.gz | 206.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yjy.ent.gz | 159.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yjy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yjy_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yjy_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5yjy_validation.xml.gz | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yjy_validation.cif.gz | 53.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/5yjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/5yjy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase, ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54134.973 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-513 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NDI1, YML120C, YM7056.06C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P32340, NADH:quinone reductase (non-electrogenic) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 54236.074 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-513 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NDI1, YML120C, YM7056.06C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P32340, NADH:quinone reductase (non-electrogenic) |
-非ポリマー , 4種, 14分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50mM Mes(pH 6.0), 34%(v/v) PEG 400, 100mM NaCl, 2%(v/v) ethylene glycol, 5%(v/v) glycerol PH範囲: 6.0-6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 18371 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4G9K 解像度: 3.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU B: 30.628 / SU ML: 0.507 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.78 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.912 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.4→20 Å
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拘束条件 |
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