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- PDB-4gav: Structure of the Ndi1 protein from Saccharomyces cerevisiae in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gav
タイトルStructure of the Ndi1 protein from Saccharomyces cerevisiae in complex with quinone
要素Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nucleotide-binding domain / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / : / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / NDH2 C-terminal domain / Alternative NADH dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain - #100 / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / UBIQUINONE-2 / Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Iwata, M. / Lee, Y. / Yamashita, T. / Yagi, T. / Iwata, S. / Cameron, A.D. / Maher, M.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: The structure of the yeast NADH dehydrogenase (Ndi1) reveals overlapping binding sites for water- and lipid-soluble substrates.
著者: Iwata, M. / Lee, Y. / Yamashita, T. / Yagi, T. / Iwata, S. / Cameron, A.D. / Maher, M.J.
履歴
登録2012年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase
B: Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8096
ポリマ－105,6012
非ポリマー2,2084
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area39820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.589, 111.926, 165.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 43 - 513 / Label seq-ID: 1 - 471

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase / Internal NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic)


分子量: 52800.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NDI1, YML120C, YM7056.06C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32340, NADH:quinone reductase (non-electrogenic)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UQ2 / UBIQUINONE-2 / 2,3-ジメトキシ-5-メチル-6-(3,7-ジメチル-2,6-オクタジエニル)-1,4-ベンゾキノン


分子量: 318.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM MES, 34% PEG 400, 100 mM NaCl, 2% Ethylene Glycol, 5% glycerol, 3 mM UQ2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 24820 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→39.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 41.111 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.465 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2684 1268 5.1 %RANDOM
Rwork0.2399 ---
obs0.2414 24779 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.21 Å2 / Biso mean: 101.997 Å2 / Biso min: 32.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7334 0 152 0 7486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.027694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9581.99410446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.793312840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.235930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.52224.337332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.646151324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2791536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021530
Refine LS restraints NCS数: 6274 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 3.14 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 79 -
Rwork0.351 1567 -
all-1646 -
obs--99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2277-0.32530.03293.0988-0.27362.3171-0.1504-0.6196-0.37480.54390.2083-0.11150.0203-0.251-0.05790.17020.1203-0.00520.30590.09250.0562-14.3922-20.019361.9509
24.15421.8591-0.19973.6868-0.23411.7105-0.53130.79980.025-0.85160.5142-0.0340.0671-0.20610.01710.365-0.19690.13090.2947-0.05640.1012-13.3954-24.33521.2591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 513
2X-RAY DIFFRACTION2B43 - 513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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