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- PDB-5yjj: Crystal structure of PNPase from Staphylococcus epidermidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yjj
タイトルCrystal structure of PNPase from Staphylococcus epidermidis
要素Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / polynucleotidyl phosphorylase / RNA degradation / Polyadenylation
機能・相同性
機能・相同性情報


polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / mRNA catabolic process / RNA processing / magnesium ion binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily ...Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Raj, R. / Gopal, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Characterization of Staphylococcus epidermidis Polynucleotide phosphorylase and its interactions with ribonucleases RNase J1 and RNase J2.
著者: Raj, R. / Mitra, S. / Gopal, B.
履歴
登録2017年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
C: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
D: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
E: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
F: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,32318
ポリマ－473,6076
非ポリマー71612
水29,1661619
1
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
C: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,1619
ポリマ－236,8043
非ポリマー3586
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area50280 Å2
手法PISA
2
D: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
E: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
F: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,1619
ポリマ－236,8043
非ポリマー3586
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area49710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.190, 93.160, 143.150
Angle α, β, γ (deg.)73.54, 87.61, 60.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polynucleotide phosphorylase / PNPase


分子量: 78934.500 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 12228) (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: pnp, pnpA, SE_0951 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8CST1, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.2M Potassium formate, 20% PEG 3350, pH 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→75.03 Å / Num. obs: 196762 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 8.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CDI

3cdi


解像度: 2.2→73.04 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 19.21 / 位相誤差: 40.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 10175 5.17 %
Rwork0.237 --
obs0.3 196757 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→73.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19814 0 36 1619 21469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00620155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85527268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3817351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0693181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.2380.44064740.40929243X-RAY DIFFRACTION92
2.238-2.27870.46424670.40139319X-RAY DIFFRACTION92
2.2787-2.32250.41914520.39599285X-RAY DIFFRACTION92
2.3225-2.36990.4565230.39679243X-RAY DIFFRACTION92
2.3699-2.42150.42314990.39969252X-RAY DIFFRACTION92
2.4215-2.47780.45255030.39699300X-RAY DIFFRACTION92
2.4778-2.53980.40664620.3939324X-RAY DIFFRACTION93
2.5398-2.60840.42484470.39169353X-RAY DIFFRACTION93
2.6084-2.68520.38274740.38269387X-RAY DIFFRACTION93
2.6852-2.77190.3924540.36539347X-RAY DIFFRACTION93
2.7719-2.87090.3984790.35829344X-RAY DIFFRACTION93
2.8709-2.98590.37534530.35479432X-RAY DIFFRACTION93
2.9859-3.12180.35284830.31539398X-RAY DIFFRACTION93
3.1218-3.28630.31815690.29579290X-RAY DIFFRACTION92
3.2863-3.49220.28875280.26659335X-RAY DIFFRACTION93
3.4922-3.76180.28914960.25259434X-RAY DIFFRACTION93
3.7618-4.14030.25355520.23569300X-RAY DIFFRACTION93
4.1403-4.73910.25414680.22429489X-RAY DIFFRACTION94
4.7391-5.96980.2714570.25589465X-RAY DIFFRACTION94
5.9698-57.44550.32635550.29859395X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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