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万見
- PDB-5yj9: Crystal structure of Tribolium castaneum PINK1 kinase domain in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yj9
タイトルCrystal structure of Tribolium castaneum PINK1 kinase domain in complex with AMP-PNP
要素Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial-like Protein
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / autophagy of mitochondrion / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein ubiquitination / protein autophosphorylation / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / mitochondrial inner membrane / protein serine/threonine kinase activity ...positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / autophagy of mitochondrion / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein ubiquitination / protein autophosphorylation / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / mitochondrial inner membrane / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase Pink1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Okatsu, K. / Sato, Y. / Fukai, S.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
JSPSJP15H01175 日本
JSPS24687012 日本
JSPSJP16H04750 日本
JSPSJP15J10559 日本
CRESTJPMJCR12M5 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural insights into ubiquitin phosphorylation by PINK1.
著者: Okatsu, K. / Sato, Y. / Yamano, K. / Matsuda, N. / Negishi, L. / Takahashi, A. / Yamagata, A. / Goto-Ito, S. / Mishima, M. / Ito, Y. / Oka, T. / Tanaka, K. / Fukai, S.
履歴
登録2017年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7534
ポリマ－48,1991
非ポリマー5553
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)138.028, 59.790, 50.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial-like Protein


分子量: 48198.523 Da / 分子数: 1 / 変異: S205D, S377D, T386E, T530E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TcasGA2_TC013202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6WMX4
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: calcium acetate, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13138 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 9 % / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Rsym value: 0.545 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.53→49.744 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 28.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 653 5.17 %
Rwork0.2289 --
obs0.2297 12625 92.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→49.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2733 0 33 3 2769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0123854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5371050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5301-2.72540.35171450.29512139X-RAY DIFFRACTION85
2.7254-2.99970.26291130.26782434X-RAY DIFFRACTION93
2.9997-3.43360.28011140.23442453X-RAY DIFFRACTION94
3.4336-4.32560.21931520.21462457X-RAY DIFFRACTION95
4.3256-49.75380.22521290.21622489X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.9343 Å / Origin y: 44.2287 Å / Origin z: 7.9071 Å
111213212223313233
T0.1982 Å2-0.0076 Å2-0.0306 Å2-0.2996 Å2-0.0233 Å2--0.1538 Å2
L3.6891 °2-0.1563 °20.2194 °2-2.859 °20.3124 °2--1.6302 °2
S0.1039 Å °-0.4298 Å °0.5524 Å °0.1963 Å °-0.0346 Å °-0.1131 Å °-0.2293 Å °-0.1819 Å °-0.0403 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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