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- PDB-5yj3: Crystal structure of TZAP and telomeric DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yj3
タイトルCrystal structure of TZAP and telomeric DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
  • Telomere zinc finger-associated protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / telomeric DNA binding protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere maintenance via telomere lengthening / double-stranded telomeric DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 48
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.845 Å
データ登録者Li, F. / Zhao, Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2018
タイトル: The 11th C2H2 zinc finger and an adjacent C-terminal arm are responsible for TZAP recognition of telomeric DNA.
著者: Zhao, Y. / Zhang, G. / He, C. / Mei, Y. / Shi, Y. / Li, F.
履歴
登録2017年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
C: Telomere zinc finger-associated protein
D: Telomere zinc finger-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3548
ポリマ－37,0924
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area15020 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)56.713, 56.713, 226.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 5349.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 5682.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Telomere zinc finger-associated protein / TZAP / Krueppel-related zinc finger protein 3 / hKR3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...TZAP / Krueppel-related zinc finger protein 3 / hKR3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 48 / Zinc finger protein 855


分子量: 13030.060 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 516-620 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB48, HKR3, TZAP, ZNF855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10074
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M Imidazole-Malate pH 8.5, 20% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.845→40 Å / Num. obs: 9428 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 76.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.477 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.9221.20.9835820.9040.2141.0070.427100
2.92-2.9923.90.8136290.970.1670.830.434100
2.99-3.0725.20.6285780.9880.1260.640.442100
3.07-3.16250.4536360.9960.0910.4620.427100
3.16-3.2625.10.14358410.0290.1460.445100
3.26-3.3823.90.1056270.9990.0220.1070.474100
3.38-3.5123.10.09561110.020.0970.461100
3.51-3.6725.50.10160910.020.1030.462100
3.67-3.8725.60.16260.9990.020.1020.464100
3.87-4.1124.80.0776260.9990.0160.0790.467100
4.11-4.43240.0626280.9990.0130.0640.489100
4.43-4.8723.60.05563810.0110.0560.497100
4.87-5.5724.70.0564410.010.0510.504100
5.57-7.02220.04866310.010.0490.526100
7.02-4019.30.04174710.0090.0420.63499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W0T

1w0t


解像度: 2.845→28.279 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 446 4.85 %
Rwork0.2261 --
obs0.2281 9190 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 198.14 Å2 / Biso mean: 98.4463 Å2 / Biso min: 45.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.845→28.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 732 4 0 1829
Biso mean--88.43 --
残基数----172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.592754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.0581034
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8449-3.25610.3461510.30462806295799
3.2561-4.10030.29421510.24112877302898
4.1003-28.280.23771440.20543061320598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0636-0.48062.67621.9752-1.89116.81770.1683-0.2455-0.41930.62740.05790.38270.5751-0.4614-0.11250.78020.1540.04271.40990.07860.59465.490137.8272-11.2463
2-0.2072-0.64543.8291.9411-3.77786.3228-0.2791-0.3663-0.36150.98790.45380.1978-1.2356-0.9298-0.12380.90920.2195-0.04651.2620.11520.59614.135637.1791-8.6219
35.34860.4469-2.5636.2221.57565.3991-0.11130.18020.234-0.2570.05420.26610.0851-0.1968-0.01830.37750.1225-0.18990.9417-0.04870.5346-3.839350.7953-35.7282
43.47612.32584.53562.91511.23028.8580.2619-0.28890.9787-0.36260.1184-0.13240.5548-0.1678-0.59440.6193-0.16290.05811.715-0.10621.3391-5.761517.6903-31.2166
55.6517-4.4117-1.17547.7281-1.00579.18410.046-0.0583-0.22340.7796-0.2589-0.5016-0.5203-0.390.14720.4832-0.1822-0.13080.8930.05180.507713.323131.2151-17.8238
61.88920.96731.9453.5008-0.68892.9050.72931.1140.52560.5775-0.8091-0.3124-1.74270.62720.31451.44260.0610.24331.19680.02271.055618.427447.9019-52.1812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 18)A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 18)B1 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 575 through 618 )C575 - 618
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 549 through 574 )D549 - 574
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 575 through 614 )D575 - 614
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 549 through 574 )C549 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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