+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yj3 | ||||||
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Title | Crystal structure of TZAP and telomeric DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / telomeric DNA binding protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information telomere maintenance via telomere lengthening / double-stranded telomeric DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding ...telomere maintenance via telomere lengthening / double-stranded telomeric DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.845 Å | ||||||
Authors | Li, F. / Zhao, Y. | ||||||
Citation | Journal: Cell Res. / Year: 2018 Title: The 11th C2H2 zinc finger and an adjacent C-terminal arm are responsible for TZAP recognition of telomeric DNA. Authors: Zhao, Y. / Zhang, G. / He, C. / Mei, Y. / Shi, Y. / Li, F. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5yj3.cif.gz | 115.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5yj3.ent.gz | 85.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5yj3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5yj3_validation.pdf.gz | 456.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5yj3_full_validation.pdf.gz | 458.8 KB | Display | |
Data in XML | 5yj3_validation.xml.gz | 8.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5yj3_validation.cif.gz | 10.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/5yj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/5yj3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1w0tS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: DNA chain | Mass: 5349.498 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||
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#2: DNA chain | Mass: 5682.672 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||
#3: Protein | Mass: 13030.060 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 516-620 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ZBTB48, HKR3, TZAP, ZNF855 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P10074 #4: Chemical | ChemComp-ZN / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.2 M Imidazole-Malate pH 8.5, 20% PEG 4K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 22, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.845→40 Å / Num. obs: 9428 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 76.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.477 / Net I/σ(I): 4.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1W0T Resolution: 2.845→28.279 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 198.14 Å2 / Biso mean: 98.4463 Å2 / Biso min: 45.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.845→28.279 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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