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- PDB-5yiw: Caulobacter crescentus GcrA DNA-binding domain (DBD) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yiw
タイトルCaulobacter crescentus GcrA DNA-binding domain (DBD) in complex with methylated dsDNA (crystal form 2)
要素
  • Cell cycle regulatory protein GcrA
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*(6MA)P*TP*TP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*(6MA)P*AP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Caulobacter crescentus / GcrA / DNA-binding / transcription factor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性GcrA cell cycle regulator / GcrA cell cycle regulator / metal ion binding / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / DNA / DNA (> 10) / Cell cycle regulatory protein GcrA
機能・相同性情報
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.551 Å
データ登録者Wu, X. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670067 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the unique mechanism of transcription activation by Caulobacter crescentus GcrA.
著者: Wu, X. / Haakonsen, D.L. / Sanderlin, A.G. / Liu, Y.J. / Shen, L. / Zhuang, N. / Laub, M.T. / Zhang, Y.
履歴
登録2017年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell cycle regulatory protein GcrA
B: Cell cycle regulatory protein GcrA
C: Cell cycle regulatory protein GcrA
D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*(6MA)P*TP*TP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*(6MA)P*AP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7386
ポリマ－22,6485
非ポリマー901
水2,144119
1
A: Cell cycle regulatory protein GcrA
D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*(6MA)P*TP*TP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*(6MA)P*AP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1044
ポリマ－12,0143
非ポリマー901
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5500 Å2
手法PISA
2
B: Cell cycle regulatory protein GcrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3171
ポリマ－5,3171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3060 Å2
手法PISA
3
C: Cell cycle regulatory protein GcrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3171
ポリマ－5,3171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.810, 63.658, 126.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cell cycle regulatory protein GcrA


分子量: 5317.199 Da / 分子数: 3 / 断片: DNA-binding domain (DBD) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (strain NA1000 / CB15N) (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: gcrA, CCNA_02328 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3C9J4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*(6MA)P*TP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3299.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*(6MA)P*AP*TP*CP*AP*GP*G)-3')


分子量: 3397.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.05M Potassium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 29530 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 19.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1394 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.3 / Rrim(I) all: 0.8 / Rsym value: 0.74 / Χ2: 0.95 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YIU

5yiu


解像度: 1.551→28.745 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1472 5 %
Rwork0.2036 --
obs0.2052 29459 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.551→28.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1024 434 0 119 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0082148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.786569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004191
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5507-1.60070.32941260.26952488X-RAY DIFFRACTION99
1.6007-1.6580.27921310.24142510X-RAY DIFFRACTION100
1.658-1.72430.28751220.21662508X-RAY DIFFRACTION99
1.7243-1.80280.22231390.20432524X-RAY DIFFRACTION100
1.8028-1.89780.26191330.20872537X-RAY DIFFRACTION100
1.8978-2.01670.23731270.21432575X-RAY DIFFRACTION100
2.0167-2.17240.27061280.20172520X-RAY DIFFRACTION100
2.1724-2.39090.21521430.20392568X-RAY DIFFRACTION100
2.3909-2.73660.23271370.22322562X-RAY DIFFRACTION100
2.7366-3.44690.2511320.21532570X-RAY DIFFRACTION99
3.4469-28.75040.20811540.17842625X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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