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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yit
タイトルCrystal Structure of Hypothetical protein (Rv3272) from Mycobacterium tuberculosis
要素CoA transferase III
キーワードTRANSFERASE / CoA transferase Family III / interlocked dimer / Mycobacterium tuberculosis / Rv3272
機能・相同性転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素 / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III / transferase activity / Probable fatty acyl-CoA transferase Rv3272
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Karade, S.S. / Pratap, J.V.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Rv3272 encodes a novel Family III CoA transferase that alters the cell wall lipid profile and protects mycobacteria from acidic and oxidative stress.
著者: Karade, S.S. / Pandey, S. / Ansari, A. / Das, S. / Tripathi, S. / Arora, A. / Chopra, S. / Pratap, J.V. / Dasgupta, A.
履歴
登録2017年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CoA transferase III
B: CoA transferase III
C: CoA transferase III
D: CoA transferase III
E: CoA transferase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,5275
ポリマ－212,5275
非ポリマー00
水2,576143
1
A: CoA transferase III
B: CoA transferase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0112
ポリマ－85,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
2
C: CoA transferase III
D: CoA transferase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0112
ポリマ－85,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11240 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area26650 Å2
手法PISA
3
E: CoA transferase III

E: CoA transferase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0112
ポリマ－85,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)542.400, 71.000, 49.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16B
26E
17C
27D
18C
28E
19D
29E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEUAA6 - 3916 - 391
21PROPROLEULEUBB6 - 3916 - 391
12ASNASNLEULEUAA5 - 3915 - 391
22ASNASNLEULEUCC5 - 3915 - 391
13ASNASNPHEPHEAA5 - 3905 - 390
23ASNASNPHEPHEDD5 - 3905 - 390
14PROPROLEULEUBB6 - 3916 - 391
24PROPROLEULEUCC6 - 3916 - 391
15PROPROPHEPHEBB6 - 3906 - 390
25PROPROPHEPHEDD6 - 3906 - 390
16PROPROVALVALBB6 - 3896 - 389
26PROPROVALVALEE6 - 3896 - 389
17ASNASNPHEPHECC5 - 3905 - 390
27ASNASNPHEPHEDD5 - 3905 - 390
18PROPROVALVALCC6 - 3896 - 389
28PROPROVALVALEE6 - 3896 - 389
19PROPROVALVALDD6 - 3896 - 389
29PROPROVALVALEE6 - 3896 - 389

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.226724, -0.973914, 0.009409), (-0.973952, 0.226677, -0.00584), (0.003555, -0.010488, -0.999939)132.05688, 105.1132, 36.26708
3given(0.94819, -0.317665, -0.004977), (0.317672, 0.9482, 0.000801), (0.004465, -0.00234, 0.999987)44.73596, 8.95089, 9.00563
4given(-0.520532, -0.853794, 0.009066), (-0.853841, 0.52052, -0.003866), (-0.001418, -0.009753, -0.999951)113.03493, 63.5233, 27.20017
5given(-0.785528, -0.618786, 0.007011), (-0.618815, 0.785531, -0.002958), (-0.003677, -0.006662, -0.999971)83.66774, 30.78293, 18.14123

-
要素

#1: タンパク質
CoA transferase III


分子量: 42505.445 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96877
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
解説: Plate shaped crystals grown overnight at room temperature
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM Tris-HCl, 100mM MgCl2, 20-25% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9858 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→43.59 Å / Num. obs: 45755 / % possible obs: 96.88 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1032 / Net I/σ(I): 7.86
反射 シェル解像度: 2.79→2.89 Å / 冗長度: 2.97 % / Rmerge(I) obs: 0.3565 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Num. unique obs: 4303 / CC1/2: 0.92 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VJQ

2vjq


解像度: 2.79→43.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28578 2260 4.9 %RANDOM
Rwork0.23124 ---
obs0.23387 43495 96.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20.17 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→43.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12467 0 0 143 12610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01912702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.94917374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.36251732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.1424.332494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.796151688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9251574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0219825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6086.5676991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.3039.8338702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.496.3235709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.81560.46152225
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A6460.22
12B6460.22
21A6200.22
22C6200.22
31A6640.24
32D6640.24
41B6960.21
42C6960.21
51B7200.21
52D7200.21
61B6860.24
62E6860.24
71C7000.22
72D7000.22
81C6600.22
82E6600.22
91D6880.24
92E6880.24
LS精密化 シェル解像度: 2.792→2.864 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 119 -
Rwork0.309 2478 -
obs--75.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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