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- PDB-5yig: Crystal structure of Streptococcus pneumonia ParE with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yig
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumonia ParE with inhibitor
要素DNA topoisomerase 4 subunit B
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal ...DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-54B / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae GA47502 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cherian, J. / Tan, Y. / Hill, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Astar シンガポール
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Discovery of dual GyrB/ParE inhibitors active against Gram-negative bacteria.
著者: Ho, S.Y. / Wang, W. / Ng, F.M. / Wong, Y.X. / Poh, Z.Y. / Tan, S.W.E. / Ang, S.H. / Liew, S.S. / Joyner Wong, Y.S. / Tan, Y. / Poulsen, A. / Pendharkar, V. / Sangthongpitag, K. / Manchester, ...著者: Ho, S.Y. / Wang, W. / Ng, F.M. / Wong, Y.X. / Poh, Z.Y. / Tan, S.W.E. / Ang, S.H. / Liew, S.S. / Joyner Wong, Y.S. / Tan, Y. / Poulsen, A. / Pendharkar, V. / Sangthongpitag, K. / Manchester, J. / Basarab, G. / Hill, J. / Keller, T.H. / Cherian, J.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit B
B: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6734
ポリマ－45,4692
非ポリマー1,2032
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.394, 61.980, 84.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1VALVALchain AAA18 - 2262 - 210
2GLNGLNchain BBB17 - 2261 - 210

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 22734.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae GA47502 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: parE, SPAR98_0871 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: G6JAH7, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-54B / 1-ethyl-3-[5-[2-[(1S,5R)-3-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]-5-(2-oxidanylidene-3H-1,3,4-oxadiazol-5-yl)pyridin-3-yl]-4-[4-(trifluoromethyl)-1,3-thiazol-2-yl]pyridin-2-yl]urea


分子量: 601.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26F3N9O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium Acetate, 18-22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→35.934 Å / Num. obs: 21230 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 5.72
反射 シェル解像度: 1.8001→2.8652 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å35.93 Å
Translation2.8 Å35.93 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTV8.34Aデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
d*TREKデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→35.934 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.63
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 2119 9.98 %
Rwork0.2059 --
obs0.2108 21230 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.82 Å2 / Biso mean: 25.6232 Å2 / Biso min: 4.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→35.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2961 0 84 6 3051
Biso mean--29.17 16.06 -
残基数----386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9914338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3481232
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1694X-RAY DIFFRACTION2.993TORSIONAL
12B1694X-RAY DIFFRACTION2.993TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-2.86520.29171430.23431272141599
2.8652-2.93680.32681390.260712951434100
2.9368-3.01620.36161460.2511288143499
3.0162-3.10490.3291430.25751282142599
3.1049-3.20510.2841370.25951259139699
3.2051-3.31950.29421410.25081281142299
3.3195-3.45230.33191420.24471278142099
3.4523-3.60930.24711400.24021293143398
3.6093-3.79940.26741340.22911206134097
3.7994-4.03720.24641400.18811283142399
4.0372-4.34840.21341410.17631289143099
4.3484-4.78510.19691460.14661290143699
4.7851-5.47540.20891410.154512751416100
5.4754-6.89040.231480.172512941442100
6.8904-35.93670.19551380.17281226136496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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