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- PDB-5yi3: Structure of Lactococcus lactis ZitR, C30S mutant in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yi3
タイトルStructure of Lactococcus lactis ZitR, C30S mutant in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
  • Zinc transport transcriptional regulator
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/DNA / Zinc binding protein / MarR family / winged Helix-turn-helix / Transcriptional regulator / METAL BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1680 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2360 / : / : / MarR family / ArsR-like helix-turn-helix domain / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #1680 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2360 / : / : / MarR family / ArsR-like helix-turn-helix domain / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc transport transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Song, Y. / Liu, H. / Zhu, R. / Yi, C. / Chen, P.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Basic Research Foundation of China2010CB912302 2012CB917301 中国
National Natural Science Foundation of China21225206 91013005 21001010 中国
E-Institutes of Shanghai Municipal Education CommissionE09013 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2017
タイトル: Allosteric histidine switch for regulation of intracellular zinc(II) fluctuation.
著者: Zhu, R. / Song, Y. / Liu, H. / Yang, Y. / Wang, S. / Yi, C. / Chen, P.R.
履歴
登録2017年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc transport transcriptional regulator
B: Zinc transport transcriptional regulator
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
E: Zinc transport transcriptional regulator
F: Zinc transport transcriptional regulator
G: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
I: Zinc transport transcriptional regulator
J: Zinc transport transcriptional regulator
K: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
M: Zinc transport transcriptional regulator
N: Zinc transport transcriptional regulator
O: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,13024
ポリマ－170,60716
非ポリマー5238
水46826
1
A: Zinc transport transcriptional regulator
B: Zinc transport transcriptional regulator
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7836
ポリマ－42,6524
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
2
E: Zinc transport transcriptional regulator
F: Zinc transport transcriptional regulator
G: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7836
ポリマ－42,6524
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
3
I: Zinc transport transcriptional regulator
J: Zinc transport transcriptional regulator
K: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7836
ポリマ－42,6524
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
4
M: Zinc transport transcriptional regulator
N: Zinc transport transcriptional regulator
O: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7836
ポリマ－42,6524
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.522, 103.058, 104.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Zinc transport transcriptional regulator


分子量: 16429.686 Da / 分子数: 8 / 変異: C30S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (乳酸菌)
株: IL1403 / 遺伝子: zitR, L168265 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CDU5
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 4896.215 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lactococcus lactis (乳酸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1M Sodium cacodylate pH 6.1, 0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Sodium chloride, 20%(w/v) Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月18日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 47584 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.77→2.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.873 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4718 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.2_432精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q5F

3q5f


解像度: 2.9→42.486 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 1659 4.33 %
Rwork0.2053 --
obs0.2078 38357 90.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.994 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.2611 Å2-0 Å2-42.337 Å2
2---20.7739 Å20 Å2
3---27.035 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9083 2600 8 26 11717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32816869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5374701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691999
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041691
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.00370.4411470.34433100X-RAY DIFFRACTION77
3.0037-3.12390.40911370.31423148X-RAY DIFFRACTION78
3.1239-3.2660.31431570.25273386X-RAY DIFFRACTION84
3.266-3.43820.32961660.23593649X-RAY DIFFRACTION91
3.4382-3.65350.27841760.22713825X-RAY DIFFRACTION95
3.6535-3.93540.31051590.2213827X-RAY DIFFRACTION95
3.9354-4.33110.25951850.18623894X-RAY DIFFRACTION96
4.3311-4.95690.2191690.17543960X-RAY DIFFRACTION97
4.9569-6.24210.26191770.20793994X-RAY DIFFRACTION98
6.2421-42.49070.19241860.15653915X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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