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- PDB-5yhn: Solution structure of the LEKTI Domain 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yhn
タイトルSolution structure of the LEKTI Domain 4
要素cDNA FLJ60407, highly similar to Serine protease inhibitor Kazal-type 5
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Kazal / inhibitor / LEKTI
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / regulation of timing of anagen / epidermal cell differentiation / hair cell differentiation / Formation of the cornified envelope / negative regulation of immune response / regulation of T cell differentiation / regulation of cell adhesion / epithelial cell differentiation ...negative regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / regulation of timing of anagen / epidermal cell differentiation / hair cell differentiation / Formation of the cornified envelope / negative regulation of immune response / regulation of T cell differentiation / regulation of cell adhesion / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / extracellular matrix organization / central nervous system development / negative regulation of proteolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell cortex / cell differentiation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ60407, highly similar to Serine protease inhibitor Kazal-type 5 / Serine protease inhibitor Kazal-type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mok, Y.K. / Ramesh, K.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Homologous Lympho-Epithelial Kazal-type Inhibitor Domains Delay Blood Coagulation by Inhibiting Factor X and XI with Differential Specificity.
著者: Ramesh, K. / Lama, D. / Tan, K.W. / Nguyen, V.S. / Chew, F.T. / Verma, C.S. / Mok, Y.K.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ60407, highly similar to Serine protease inhibitor Kazal-type 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0291
ポリマ－8,0291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5460 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ60407, highly similar to Serine protease inhibitor Kazal-type 5 / LEKTI


分子量: 8029.053 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DWS3, UniProt: Q9NQ38*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1 mM 13C 15N LEKTI Domain 4, 90% H2O/10% D2O / 詳細: 10mM Sodium Acetate pH 4.6 / Label: LEKTI Domain 4 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: LEKTI Domain 4 / Isotopic labeling: 13C 15N
試料状態イオン強度: 10 mM / Label: d4 / pH: 4.6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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