PDB-5yhi: Crystal structure of YiiM from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yhi

タイトル

Crystal structure of YiiM from Escherichia coli

要素

Protein YiiM

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enzyme / MOSC

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin catabolic process / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / molybdenum ion binding / response to toxic substance / pyridoxal phosphate binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Namgung, B. / Kim, J.H. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the hydroxylaminopurine resistance protein, YiiM, and its putative molybdenum cofactor-binding catalytic site.
著者: Namgung, B. / Kim, J.H. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2017年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yhi.cif.gz	174.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yhi.ent.gz	138.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yhi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yhi_validation.pdf.gz	1008.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yhi_full_validation.pdf.gz	1010.1 KB	表示
XML形式データ	5yhi_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	5yhi_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yhi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yhhC 1o65S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7mc5-d 2ih4-2 1x7i-d 4on0-1 2np6-2 1li7-1 3axs-d 2q6w-2 2ih2-2 2jg3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein YiiM

B: Protein YiiM

ヘテロ分子

52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.162, 84.837, 107.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	TYR	TYR	5	A	A	3 - 8	9 - 14
2	1	1	TYR	TYR	TYR	TYR	5	B	B	3 - 8	9 - 14
1	1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	5	A	A	26 - 41	32 - 47
2	1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	5	B	B	26 - 41	32 - 47
1	1	3	ASP	ASP	PRO	PRO	3	A	A	42 - 61	48 - 67
2	1	3	ASP	ASP	PRO	PRO	3	B	B	42 - 61	48 - 67
1	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	3	A	A	62 - 85	68 - 91
2	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	3	B	B	62 - 85	68 - 91
1	2	4	ARG	ARG	GLY	GLY	3	A	A	117 - 143	123 - 149
2	2	4	ARG	ARG	GLY	GLY	3	B	B	117 - 143	123 - 149
1	1	5	GLU	GLU	PRO	PRO	3	A	A	86 - 116	92 - 122
2	1	5	GLU	GLU	PRO	PRO	3	B	B	86 - 116	92 - 122
1	1	6	TRP	TRP	VAL	VAL	3	A	A	144 - 166	150 - 172
2	1	6	TRP	TRP	VAL	VAL	3	B	B	144 - 166	150 - 172
1	1	7	SER	SER	ARG	ARG	3	A	A	167 - 220	173 - 226
2	1	7	SER	SER	ARG	ARG	3	B	B	167 - 220	173 - 226
1	1	8	PO4	PO4	PO4	PO4	1	A	C	301
2	1	8	PO4	PO4	PO4	PO4	1	B	D	301

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

#1: タンパク質	Protein YiiM 分子量: 25930.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: yiiM, b3910, JW5559 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP1000 / 参照: UniProt: P32157
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.1M ammonium dihydrogen phosphate, 0.08M CHES, pH 9.5, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 12483 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 590

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1O65

1o65

解像度: 2.85→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 33.578 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.366 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24227	599	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20147	-	-	-
obs	0.20345	11838	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.648 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3193	0	10	0	3203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	1.949	4461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.364	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.656	23.462	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.237	15	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.675	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.35	1.5	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.086	1.5	818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.708	2	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.244	3	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.988	4.5	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	35	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
1	51	LOOSE POSITIONAL	0.19	5
1	35	MEDIUM THERMAL	0.46	2
1	51	LOOSE THERMAL	0.35	10
2	93	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
2	99	LOOSE POSITIONAL	0.42	5
2	93	MEDIUM THERMAL	0.2	2
2	99	LOOSE THERMAL	0.34	10
3	63	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	69	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
3	63	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	69	LOOSE THERMAL	0.07	10
4	300	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	402	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
4	300	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
4	402	LOOSE THERMAL	0.08	10
5	182	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
5	220	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
5	182	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
5	220	LOOSE THERMAL	0.09	10
6	135	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
6	148	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
6	135	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
6	148	LOOSE THERMAL	0.08	10
7	321	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
7	412	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
7	321	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
7	412	LOOSE THERMAL	0.09	10
8	5	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	5	TIGHT THERMAL	0.13	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.852→2.926 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	39	-
R_work	0.27	827	-
obs	-	-	96.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5567	-1.0161	-1.6448	2.8771	0.4819	3.8946	-0.2336	-0.0412	-0.3032	0.1983	0.0709	0.3668	0.639	-0.0753	0.1627	0.285	0.0214	-0.069	0.7169	0.0149	0.1592	56.421	-0.645	221.389
2	3.2284	-0.9027	-2.1811	1.7897	1.9895	5.7916	0.1645	0.4697	0.0404	-0.3268	-0.1261	0.1014	-0.1941	-0.3833	-0.0385	0.2411	0.0419	-0.0624	0.7357	0.0047	0.1077	59.248	17.713	187.236
3	4.2031	-0.1081	-2.4871	3.5717	-0.3466	4.0255	0.207	-0.0196	0.3131	-0.1063	-0.0023	0.0093	-0.0514	0.0163	-0.2047	0.1275	0.025	-0.0355	0.6337	-0.0237	0.0458	53.583	18.656	216.888
4	3.9565	-3.109	1.0185	4.102	-1.8713	5.2433	-0.1084	-0.0674	-0.2077	-0.0454	0.1061	-0.1775	0.326	0.3692	0.0023	0.1878	0.0986	0.015	0.8257	-0.0752	0.0906	72.554	6.636	197.765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	167 - 224
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	167 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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