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- PDB-5yh5: The crystal structure of Staphylococcus aureus CntA in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yh5
タイトルThe crystal structure of Staphylococcus aureus CntA in apo form
要素Nickel ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Staphylococcus aureus / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation transport / cobalt ion transport / zinc ion transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / nickel cation binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / heme binding
類似検索 - 分子機能
Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Nickel ABC transporter substrate-binding protein / Metal-staphylopine-binding protein CntA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Song, L. / Ji, Q.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic insights into staphylopine-mediated metal acquisition
著者: Song, L. / Zhang, Y. / Chen, W. / Gu, T. / Zhang, S.Y. / Ji, Q.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8245
ポリマ－57,5321
非ポリマー2924
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area21580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)149.395, 149.395, 53.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Nickel ABC transporter substrate-binding protein / Nickel ABC transporter / periplasmic nickel-binding protein / Oligopeptide transporter putative ...Nickel ABC transporter / periplasmic nickel-binding protein / Oligopeptide transporter putative substrate binding domain protein


分子量: 57531.824 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-532 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: opp-1A, AYM28_13740, AYM37_13740, ERS072738_00487, ERS074020_00717, HMPREF3211_02361
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A068A9N4, UniProt: Q2FVE7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 5.5, 25% (v/v) Polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 15367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 16.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 48.325 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.409
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26367 770 5 %RANDOM
Rwork0.19004 ---
obs0.19369 14596 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 86.528 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20.61 Å20 Å2
2--1.23 Å2-0 Å2
3----3.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→49.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4008 0 19 0 4027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.024095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0461.9665489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15139106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1355501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.88926.103195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.00115793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8671512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5476.2372010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5476.2382009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5719.3532509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.579.3522510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4866.6332085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4716.6332085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8579.7592981
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.41249.0554682
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.41149.0624683
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.904→2.979 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 58 -
Rwork0.315 1076 -
obs--99.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.975 Å / Origin y: 183.1338 Å / Origin z: -11.2866 Å
111213212223313233
T0.1407 Å2-0.1024 Å20.0324 Å2-0.3403 Å2-0.0569 Å2--0.0267 Å2
L1.0674 °20.7639 °2-0.3315 °2-0.656 °2-0.4723 °2--0.8399 °2
S-0.041 Å °0.2924 Å °-0.0788 Å °0.0584 Å °0.1342 Å °-0.0098 Å °-0.053 Å °0.0866 Å °-0.0932 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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