PDB-5yh3: The structure of hFam20C and hFam20A complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yh3

タイトル

The structure of hFam20C and hFam20A complex

要素

Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C
Pseudokinase FAM20A

キーワード

TRANSFERASE / complex / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

osteoclast maturation / regulation of phosphorus metabolic process / tooth eruption / regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dentinogenesis / biomineral tissue development / odontoblast differentiation / enamel mineralization / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Zhu, Q. / Xiao, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure and evolution of the Fam20 kinases
著者: Zhang, H. / Zhu, Q. / Cui, J. / Wang, Y. / Chen, M.J. / Guo, X. / Tagliabracci, V.S. / Dixon, J.E. / Xiao, J.

履歴

登録	2017年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yh3.cif.gz	340.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yh3.ent.gz	267.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xomC 5xooC 5yh0C 5yh2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wk6-d 6uvv-d 3iqm-d 5d79-d 4onj-d 4zsq-d 1px5-d 4kye-2 4rns-d 4x7i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Pseudokinase FAM20A

C: Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C

B: Pseudokinase FAM20A

D: Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C

ヘテロ分子

210 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pseudokinase FAM20A

C: Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pseudokinase FAM20A

D: Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.469, 192.747, 226.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pseudokinase FAM20A 分子量: 53464.199 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 63-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM20A, UNQ9388/PRO34279 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96MK3
#2: タンパク質	Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C / Dentin matrix protein 4 / DMP-4 / Golgi casein kinase / Golgi-enriched fraction casein kinase / GEF-CK 分子量: 50683.367 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM20C, DMP4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q8IXL6, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.11 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M BICINE pH 9.0, 2%(v/v) 1,4-Dioxane, 7%(w/v) Polyethylene glycol 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 75772 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 10

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→48.557 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.74
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2658	3463	4.57 %
R_work	0.2328	-	-
obs	0.2343	75772	75.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.557 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12888	0	124	0	13012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13356
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.719	18097
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.049	8115
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1937
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3452	0.4096	49	0.3921	1088	X-RAY DIFFRACTION	29
3.3452-3.393	0.4297	64	0.3775	1263	X-RAY DIFFRACTION	33
3.393-3.4436	0.3376	61	0.3728	1408	X-RAY DIFFRACTION	37
3.4436-3.4974	0.3696	77	0.3499	1611	X-RAY DIFFRACTION	42
3.4974-3.5547	0.4063	81	0.3162	1778	X-RAY DIFFRACTION	47
3.5547-3.616	0.2991	95	0.2768	1984	X-RAY DIFFRACTION	52
3.616-3.6817	0.3142	114	0.2762	2126	X-RAY DIFFRACTION	56
3.6817-3.7525	0.3097	111	0.2718	2344	X-RAY DIFFRACTION	61
3.7525-3.8291	0.2857	116	0.2514	2522	X-RAY DIFFRACTION	67
3.8291-3.9123	0.2749	128	0.2514	2727	X-RAY DIFFRACTION	70
3.9123-4.0033	0.2496	136	0.2447	2812	X-RAY DIFFRACTION	74
4.0033-4.1033	0.2544	147	0.234	2990	X-RAY DIFFRACTION	79
4.1033-4.2142	0.2504	157	0.2181	3187	X-RAY DIFFRACTION	84
4.2142-4.3382	0.244	164	0.2123	3472	X-RAY DIFFRACTION	91
4.3382-4.4781	0.2654	177	0.2121	3603	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4781-4.638	0.2158	177	0.2055	3741	X-RAY DIFFRACTION	98
4.638-4.8236	0.2348	181	0.2015	3737	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8236-5.0429	0.2995	179	0.2025	3784	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0429-5.3084	0.2547	177	0.2134	3758	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3084-5.6406	0.2592	183	0.2213	3749	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6406-6.0753	0.2752	179	0.2277	3795	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0753-6.6853	0.2699	174	0.236	3722	X-RAY DIFFRACTION	98
6.6853-7.6494	0.2134	174	0.2337	3761	X-RAY DIFFRACTION	98
7.6494-9.6252	0.2217	185	0.208	3723	X-RAY DIFFRACTION	97
9.6252-48.5626	0.2813	177	0.2284	3624	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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