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- PDB-5yh3: The structure of hFam20C and hFam20A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yh3
タイトルThe structure of hFam20C and hFam20A complex
要素
  • Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C
  • Pseudokinase FAM20A
キーワードTRANSFERASE / complex / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


osteoclast maturation / regulation of phosphorus metabolic process / tooth eruption / regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dentinogenesis / biomineral tissue development / odontoblast differentiation / enamel mineralization / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation ...osteoclast maturation / regulation of phosphorus metabolic process / tooth eruption / regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dentinogenesis / biomineral tissue development / odontoblast differentiation / enamel mineralization / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / calcium ion homeostasis / post-translational protein modification / protein serine/threonine kinase activator activity / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of protein phosphorylation / manganese ion binding / protease binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAM20, C-terminal / FAM20 / Golgi casein kinase, C-terminal, Fam20
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C / Pseudokinase FAM20A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhu, Q. / Xiao, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure and evolution of the Fam20 kinases
著者: Zhang, H. / Zhu, Q. / Cui, J. / Wang, Y. / Chen, M.J. / Guo, X. / Tagliabracci, V.S. / Dixon, J.E. / Xiao, J.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudokinase FAM20A
C: Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C
B: Pseudokinase FAM20A
D: Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,3248
ポリマ－208,2954
非ポリマー2,0294
水00
1
A: Pseudokinase FAM20A
C: Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1624
ポリマ－104,1482
非ポリマー1,0142
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area36400 Å2
手法PISA
2
B: Pseudokinase FAM20A
D: Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1624
ポリマ－104,1482
非ポリマー1,0142
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area36140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.469, 192.747, 226.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pseudokinase FAM20A


分子量: 53464.199 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 63-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM20A, UNQ9388/PRO34279 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96MK3
#2: タンパク質 Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C / Dentin matrix protein 4 / DMP-4 / Golgi casein kinase / Golgi-enriched fraction casein kinase / GEF-CK


分子量: 50683.367 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM20C, DMP4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q8IXL6, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.11 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M BICINE pH 9.0, 2%(v/v) 1,4-Dioxane, 7%(w/v) Polyethylene glycol 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 75772 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→48.557 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.74
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 3463 4.57 %
Rwork0.2328 --
obs0.2343 75772 75.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.557 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12888 0 124 0 13012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71918097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0498115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.34520.4096490.39211088X-RAY DIFFRACTION29
3.3452-3.3930.4297640.37751263X-RAY DIFFRACTION33
3.393-3.44360.3376610.37281408X-RAY DIFFRACTION37
3.4436-3.49740.3696770.34991611X-RAY DIFFRACTION42
3.4974-3.55470.4063810.31621778X-RAY DIFFRACTION47
3.5547-3.6160.2991950.27681984X-RAY DIFFRACTION52
3.616-3.68170.31421140.27622126X-RAY DIFFRACTION56
3.6817-3.75250.30971110.27182344X-RAY DIFFRACTION61
3.7525-3.82910.28571160.25142522X-RAY DIFFRACTION67
3.8291-3.91230.27491280.25142727X-RAY DIFFRACTION70
3.9123-4.00330.24961360.24472812X-RAY DIFFRACTION74
4.0033-4.10330.25441470.2342990X-RAY DIFFRACTION79
4.1033-4.21420.25041570.21813187X-RAY DIFFRACTION84
4.2142-4.33820.2441640.21233472X-RAY DIFFRACTION91
4.3382-4.47810.26541770.21213603X-RAY DIFFRACTION95
4.4781-4.6380.21581770.20553741X-RAY DIFFRACTION98
4.638-4.82360.23481810.20153737X-RAY DIFFRACTION99
4.8236-5.04290.29951790.20253784X-RAY DIFFRACTION99
5.0429-5.30840.25471770.21343758X-RAY DIFFRACTION98
5.3084-5.64060.25921830.22133749X-RAY DIFFRACTION99
5.6406-6.07530.27521790.22773795X-RAY DIFFRACTION99
6.0753-6.68530.26991740.2363722X-RAY DIFFRACTION98
6.6853-7.64940.21341740.23373761X-RAY DIFFRACTION98
7.6494-9.62520.22171850.2083723X-RAY DIFFRACTION97
9.6252-48.56260.28131770.22843624X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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