PDB-5yh0: The structure of DrFam20C1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yh0

タイトル

The structure of DrFam20C1

要素

DrFam20C1

キーワード

TRANSFERASE / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

enamel mineralization / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Zhang, H. / Xiao, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure and evolution of the Fam20 kinases
著者: Zhang, H. / Zhu, Q. / Cui, J. / Wang, Y. / Chen, M.J. / Guo, X. / Tagliabracci, V.S. / Dixon, J.E. / Xiao, J.

履歴

登録	2017年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yh0.cif.gz	922.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yh0.ent.gz	781.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yh0_validation.pdf.gz	574.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yh0_full_validation.pdf.gz	677.8 KB	表示
XML形式データ	5yh0_validation.xml.gz	158.4 KB	表示
CIF形式データ	5yh0_validation.cif.gz	209.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xomC 5xooC 5yh2C 5yh3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4658 3rg2-d 30967 0037 4686 3von-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (4) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#265 - 2022年1月
ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase)
類似性 (4)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DrFam20C1

B: DrFam20C1

C: DrFam20C1

D: DrFam20C1

E: DrFam20C1

F: DrFam20C1

G: DrFam20C1

H: DrFam20C1

I: DrFam20C1

J: DrFam20C1

K: DrFam20C1

L: DrFam20C1

774 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.925, 135.988, 219.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DrFam20C1 分子量: 64505.363 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: E7FBB8*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 18% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 88916 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 3.45→47.843 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2785	2003	2.26 %
R_work	0.2247	-	-
obs	0.2259	88731	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→47.843 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	37919	0	0	0	37919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	38896
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	52570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.854	23683
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	5613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	6784

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.45-3.5363	0.3645	140	0.3059	6026	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5363-3.6319	0.3393	143	0.2885	6196	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6319-3.7387	0.3166	146	0.2672	6144	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7387-3.8593	0.3028	140	0.2458	6187	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8593-3.9972	0.3472	144	0.2433	6163	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9972-4.1571	0.2899	140	0.2257	6149	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1571-4.3462	0.2812	147	0.2148	6159	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3462-4.5752	0.2812	140	0.2083	6213	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5752-4.8616	0.2908	142	0.1933	6210	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8616-5.2365	0.2364	143	0.1929	6262	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2365-5.7627	0.2717	142	0.2159	6213	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7627-6.5947	0.2637	146	0.2221	6224	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5947-8.3016	0.2658	144	0.2178	6241	X-RAY DIFFRACTION	99
8.3016-47.8472	0.2111	146	0.1971	6341	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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