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- PDB-5ygk: Crystal structure of a synthase from Streptomyces sp. CL190 with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ygk
タイトルCrystal structure of a synthase from Streptomyces sp. CL190 with dmaspp
要素Cyclolavandulyl diphosphate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / substrate binding / Cyclolavandulyl diphosphate synthase / inhibitor
機能・相同性polyprenyltransferase activity / polyprenol biosynthetic process / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / metal ion binding / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / Cyclolavandulyl diphosphate synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.047 Å
データ登録者Gao, J. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Catalytic Role of Conserved Asparagine, Glutamine, Serine, and Tyrosine Residues in Isoprenoid Biosynthesis Enzymes.
著者: Malwal, S.R. / Gao, J. / Hu, X. / Yang, Y. / Liu, W. / Huang, J.W. / Ko, T.P. / Li, L. / Chen, C.C. / O'Dowd, B. / Khade, R.L. / Zhang, Y. / Zhang, Y. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月16日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
B: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
C: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
D: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
E: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
F: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
G: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
H: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,41032
ポリマ－195,0218
非ポリマー4,38924
水15,331851
1
A: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
E: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8528
ポリマ－48,7552
非ポリマー1,0976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
2
B: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
F: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8528
ポリマ－48,7552
非ポリマー1,0976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16970 Å2
手法PISA
3
C: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
H: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8528
ポリマ－48,7552
非ポリマー1,0976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
4
D: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
G: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8528
ポリマ－48,7552
非ポリマー1,0976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.090, 119.308, 93.133
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...
21(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...
31(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...
41(chain D and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...
51(chain E and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...
61(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...
71(chain G and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...
81(chain H and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRMETMET(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA3 - 113 - 11
12ARGARGLEULEU(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA13 - 2213 - 22
13ASPASPASPASP(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA2323
14METMETARGARG(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA1 - 2101 - 210
15METMETARGARG(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA1 - 2101 - 210
16METMETARGARG(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA1 - 2101 - 210
17METMETARGARG(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA1 - 2101 - 210
18METMETARGARG(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA1 - 2101 - 210
19METMETARGARG(chain A and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...AA1 - 2101 - 210
21THRTHRMETMET(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...BB3 - 113 - 11
22ARGARGLEULEU(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...BB13 - 2213 - 22
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24METMETARGARG(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...BB1 - 2081 - 208
25METMETARGARG(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...BB1 - 2081 - 208
26METMETARGARG(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...BB1 - 2081 - 208
27METMETARGARG(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...BB1 - 2081 - 208
28METMETARGARG(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...BB1 - 2081 - 208
29METMETARGARG(chain B and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...BB1 - 2081 - 208
31THRTHRMETMET(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC3 - 113 - 11
32ARGARGLEULEU(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC13 - 2213 - 22
33ASPASPASPASP(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC2323
34METMETALAALA(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC1 - 2171 - 217
35METMETALAALA(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC1 - 2171 - 217
36METMETALAALA(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC1 - 2171 - 217
37METMETALAALA(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC1 - 2171 - 217
38METMETALAALA(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC1 - 2171 - 217
39METMETALAALA(chain C and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...CC1 - 2171 - 217
41THRTHRMETMET(chain D and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...DD3 - 113 - 11
42ARGARGLEULEU(chain D and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...DD13 - 2213 - 22
43ASPASPASPASP(chain D and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...DD2323
44METMETARGARG(chain D and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...DD1 - 2081 - 208
45METMETARGARG(chain D and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...DD1 - 2081 - 208
46METMETARGARG(chain D and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...DD1 - 2081 - 208
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49METMETARGARG(chain D and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...DD1 - 2081 - 208
51THRTHRMETMET(chain E and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...EE3 - 113 - 11
52ARGARGLEULEU(chain E and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...EE13 - 2213 - 22
53ASPASPASPASP(chain E and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...EE2323
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57METMETARGARG(chain E and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...EE1 - 2081 - 208
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59METMETARGARG(chain E and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...EE1 - 2081 - 208
61THRTHRMETMET(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...FF3 - 113 - 11
62ARGARGLEULEU(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...FF13 - 2213 - 22
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64THRTHRASPASP(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...FF2 - 2092 - 209
65THRTHRASPASP(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...FF2 - 2092 - 209
66THRTHRASPASP(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...FF2 - 2092 - 209
67THRTHRASPASP(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...FF2 - 2092 - 209
68THRTHRASPASP(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...FF2 - 2092 - 209
69THRTHRASPASP(chain F and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...FF2 - 2092 - 209
71THRTHRMETMET(chain G and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...GG3 - 113 - 11
72ARGARGLEULEU(chain G and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...GG13 - 2213 - 22
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74THRTHRASPASP(chain G and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...GG2 - 2092 - 209
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76THRTHRASPASP(chain G and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...GG2 - 2092 - 209
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78THRTHRASPASP(chain G and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...GG2 - 2092 - 209
79THRTHRASPASP(chain G and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...GG2 - 2092 - 209
81THRTHRMETMET(chain H and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...HH3 - 113 - 11
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84THRTHRALAALA(chain H and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...HH2 - 2172 - 217
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87THRTHRALAALA(chain H and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...HH2 - 2172 - 217
88THRTHRALAALA(chain H and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...HH2 - 2172 - 217
89THRTHRALAALA(chain H and (resseq 3:11 or resseq 13:22 or (resid...HH2 - 2172 - 217

-
要素

#1: タンパク質
Cyclolavandulyl diphosphate synthase


分子量: 24377.596 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. (strain CL190) (バクテリア)
株: CL190 / プラスミド: pET46Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: X5IYJ5
#2: 化合物
ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % / Mosaicity: 0.909 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NaAc, NaCl HEPES, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月10日
放射モノクロメーター: LN2 cooled Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.047→25 Å / Num. obs: 109264 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 34.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.784 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.1250.499108000.8920.2360.5540.48799
2.12-2.215.30.337108620.9510.1580.3730.51299.7
2.21-2.315.40.263108770.9680.1230.290.52999.7
2.31-2.435.40.186109030.9820.0870.2060.56699.8
2.43-2.585.40.129109250.990.060.1420.64399.8
2.58-2.785.40.094109060.9940.0440.1040.698100
2.78-3.065.40.064109640.9970.030.0710.809100
3.06-3.55.30.046109570.9980.0220.0511.096100
3.5-4.415.30.036109970.9990.0170.041.252100
4.41-255.30.032110730.9990.0150.0351.21799.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XK3

5xk3


解像度: 2.047→24.866 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 2004 1.84 %
Rwork0.1844 --
obs0.1853 109181 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.4 Å2 / Biso mean: 41.8314 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.047→24.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13262 0 232 851 14345
Biso mean--47.87 42.91 -
残基数----1683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44518648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0632009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3758193
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6970X-RAY DIFFRACTION10.432TORSIONAL
12B6970X-RAY DIFFRACTION10.432TORSIONAL
13C6970X-RAY DIFFRACTION10.432TORSIONAL
14D6970X-RAY DIFFRACTION10.432TORSIONAL
15E6970X-RAY DIFFRACTION10.432TORSIONAL
16F6970X-RAY DIFFRACTION10.432TORSIONAL
17G6970X-RAY DIFFRACTION10.432TORSIONAL
18H6970X-RAY DIFFRACTION10.432TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0473-2.12040.30231960.2486103361053296
2.1204-2.20530.27842090.22371068910898100
2.2053-2.30560.23751950.21751068910884100
2.3056-2.4270.27781880.21561074610934100
2.427-2.57890.27331880.20941076710955100
2.5789-2.77780.26171940.21881073510929100
2.7778-3.05690.26592160.22221078210998100
3.0569-3.49820.27322160.19131076610982100
3.4982-4.40340.17952040.15341081811022100
4.4034-24.86820.20241980.1461108491104799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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