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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yfk | ||||||
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タイトル | X-ray structure of a mutant form C232S of Clostridium perfringens sortase B | ||||||
要素 | Uncharacterized protein Sortase B | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / cystein transpeptidase / sortase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kamitori, S. / Tamai, E. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017 タイトル: X-ray structure of Clostridium perfringens sortase B cysteine transpeptidase 著者: Tamai, E. / Sekiya, H. / Maki, J. / Nariya, H. / Yoshida, H. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yfk.cif.gz | 61.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yfk.ent.gz | 43.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yfk_validation.pdf.gz | 429.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yfk_full_validation.pdf.gz | 431.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5yfk_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yfk_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27774.691 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 24-249 / 変異: C232S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain 13 / Type A) (ウェルシュ菌) 株: 13 / Type A / 遺伝子: CPE0513 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XN25 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 200mM ammonium phosphate monobasic, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→47.99 Å / Num. obs: 19621 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 5384 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5B23 解像度: 1.8→47.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.131 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.287 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→47.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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