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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yfb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a new DPP III family member | ||||||
![]() | Dipeptidyl peptidase 3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / dipeptidyl peptidase III / aflatoxin-oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() dipeptidyl-peptidase III / metalloexopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, T. / Sun, Z. / Liu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Aflatoxin-oxidase from Armillariella tabescens reveal a dual activity enzyme. 著者: Xu, T. / Xie, C. / Yao, D. / Zhou, C.Z. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 281.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 483.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78181.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 % / Mosaicity: 0.29 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Sodium formate pH 7.0, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→98.27 Å / Num. obs: 73866 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 472137 / Scaling rejects: 904 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.6 %
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→98.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 5.895 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.54 Å2 / Biso mean: 24.031 Å2 / Biso min: 3.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→98.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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