PDB-5yf0: Crystal structure of CARNMT1 bound to SAM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yf0

タイトル

Crystal structure of CARNMT1 bound to SAM

要素

Carnosine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SAM / methyltransferase / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

carnosine N-methyltransferase / carnosine N-methyltransferase activity / carnosine metabolic process / Histidine catabolism / L-histidine catabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Cao, R. / Zhang, X. / Li, H.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for histidine N1 position-specific methylation by CARNMT1.
著者: Cao, R. / Zhang, X. / Liu, X. / Li, Y. / Li, H.

履歴

登録	2017年9月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yf0.cif.gz	311.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yf0.ent.gz	251.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5yf0_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yf0_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5yf0_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	5yf0_validation.cif.gz	44.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yf0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5yf1C 5yf2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yf1-d 5yf2-d 5jjp-6 2xvj-1 5g5t-d 2xve-2 5jjp-5 4lv9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carnosine N-methyltransferase

B: Carnosine N-methyltransferase

ヘテロ分子

86.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.769, 127.769, 324.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-504- CA
2	1	B-719- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Carnosine N-methyltransferase 分子量: 42454.281 Da / 分子数: 2 / 断片: methyltransferase domain (UNP RESIDUES 53-409) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARNMT1, C9orf41 / プラスミド: pHisGB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N4J0, carnosine N-methyltransferase

#1: タンパク質

Carnosine N-methyltransferase

分子量: 42454.281 Da / 分子数: 2 / 断片: methyltransferase domain (UNP RESIDUES 53-409) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARNMT1, C9orf41 / プラスミド: pHisGB1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N4J0, carnosine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 428分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.72 % / Mosaicity: 0.255 ° / Mosaicity esd: 0.002 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 16% PEG8000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.2 M CaAc

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月24日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.246→50 Å / Num. obs: 74980 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.143 / Χ²: 1.906 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	3.4	0.79	3698	0.577	0.492	0.933	1.395	99.9
2.29-2.33	3.4	0.732	3684	0.64	0.455	0.864	1.417	99.9
2.33-2.38	3.4	0.674	3699	0.689	0.421	0.797	1.439	99.8
2.38-2.42	3.4	0.548	3687	0.769	0.342	0.647	1.476	99.8
2.42-2.48	3.4	0.475	3720	0.806	0.297	0.562	1.434	99.8
2.48-2.53	3.4	0.418	3689	0.821	0.261	0.495	1.436	99.9
2.53-2.6	3.4	0.375	3713	0.861	0.235	0.444	1.453	99.9
2.6-2.67	3.4	0.308	3771	0.898	0.192	0.364	1.458	99.8
2.67-2.75	3.4	0.269	3670	0.916	0.169	0.319	1.477	99.9
2.75-2.83	3.4	0.231	3756	0.941	0.146	0.274	1.517	99.8
2.83-2.94	3.4	0.192	3736	0.954	0.121	0.228	1.589	99.8
2.94-3.05	3.4	0.152	3717	0.969	0.097	0.181	1.66	99
3.05-3.19	3.4	0.128	3710	0.978	0.081	0.152	1.779	98.7
3.19-3.36	3.4	0.104	3744	0.984	0.066	0.123	1.952	98.9
3.36-3.57	3.4	0.086	3741	0.988	0.054	0.102	2.303	99.1
3.57-3.85	3.3	0.078	3764	0.989	0.051	0.094	2.844	99.3
3.85-4.23	3.2	0.068	3776	0.991	0.044	0.081	3.057	98.6
4.23-4.85	3.2	0.061	3799	0.992	0.04	0.073	3.251	98.3
4.85-6.1	3.2	0.058	3871	0.993	0.038	0.069	2.697	98.6
6.1-50	3.1	0.048	4035	0.995	0.031	0.058	2.765	96

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.435

	最高解像度	最低解像度
Rotation	45.56 Å	2.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→45.559 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.04

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1956	3846	5.13 %	Random
R_work	0.1714	-	-	-
obs	0.1727	74944	99.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.49 Å² / B_iso mean: 40.2523 Å² / B_iso min: 15.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→45.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5702	0	80	418	6200
B_iso mean	-	-	37.14	46.2	-
残基数	-	-	-	-	687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	8162
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	854
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1037
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.451	3565

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2455-2.274	0.3047	135	0.2519	2499	2634	97
2.274-2.3039	0.2812	165	0.2402	2580	2745	100
2.3039-2.3354	0.2703	133	0.2371	2596	2729	100
2.3354-2.3688	0.2578	139	0.2352	2629	2768	100
2.3688-2.4042	0.2599	135	0.2159	2613	2748	100
2.4042-2.4417	0.2459	135	0.2106	2591	2726	100
2.4417-2.4818	0.2605	119	0.2026	2616	2735	100
2.4818-2.5245	0.2562	138	0.1957	2624	2762	100
2.5245-2.5704	0.2157	166	0.1907	2587	2753	100
2.5704-2.6199	0.2281	149	0.1847	2606	2755	100
2.6199-2.6733	0.2028	119	0.1807	2641	2760	100
2.6733-2.7315	0.2144	149	0.1818	2616	2765	100
2.7315-2.795	0.1993	153	0.1824	2605	2758	100
2.795-2.8649	0.2361	141	0.1911	2616	2757	100
2.8649-2.9423	0.2471	151	0.1812	2620	2771	100
2.9423-3.0289	0.2079	130	0.1772	2627	2757	99
3.0289-3.1266	0.1779	149	0.1702	2603	2752	99
3.1266-3.2384	0.2197	140	0.1698	2606	2746	99
3.2384-3.368	0.1959	140	0.1606	2640	2780	99
3.368-3.5212	0.1736	133	0.1563	2653	2786	99
3.5212-3.7068	0.1574	149	0.1477	2635	2784	100
3.7068-3.9389	0.1749	139	0.1415	2656	2795	99
3.9389-4.2428	0.1501	145	0.135	2661	2806	99
4.2428-4.6694	0.1434	140	0.1283	2658	2798	98
4.6694-5.3442	0.1448	149	0.1356	2711	2860	99
5.3442-6.7296	0.2143	153	0.1866	2754	2907	99
6.7296-45.5688	0.1915	152	0.2002	2855	3007	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8004	0.9921	-0.3246	2.1529	-0.5593	1.4699	-0.0657	0.3876	0.4828	-0.1452	0.1029	0.1424	-0.2523	-0.1915	0.0951	0.3467	0.1044	0.0465	0.3152	0.1057	0.4288	-63.3154	52.3769	-0.2305
2	1.913	0.6734	-0.5515	0.9971	-0.187	1.0811	0.03	0.0891	0.4894	0.1034	0.0223	0.1497	-0.2734	-0.0246	-0.0168	0.3424	-0.056	0.0033	0.2254	0.0414	0.3078	-37.2334	59.3078	-2.3182
3	1.628	0.4459	-0.6734	0.7979	-0.2607	0.9849	-0.0753	0.0852	0.1394	0.0002	0.0724	0.0245	-0.1392	0.1159	0.015	0.2572	-0.0737	-0.0118	0.2384	0.0443	0.2449	-35.1574	50.9079	-5.0541
4	1.2268	1.4095	-0.7989	2.4653	-0.2956	1.1439	-0.1398	0.2402	0.0941	-0.1716	0.184	0.1595	0.0872	-0.1185	-0.0538	0.3409	-0.1037	0.0102	0.2799	0.0825	0.208	-43.8147	23.7966	-19.7515
5	0.1228	0.1368	0.0664	0.3375	0.0744	0.0345	-0.0382	0.0855	-0.0922	-0.2225	-0.0475	0.5886	0.3352	-1.0388	-0.1729	0.8822	-0.2791	0.0546	0.7799	0.071	0.718	-61.3673	10.8635	-16.9723
6	0.7424	0.1915	-0.2284	0.7849	-0.1521	1.586	-0.1009	-0.0377	-0.0142	0.0611	0.0626	0.0015	0.0503	-0.0256	0.0245	0.2522	0.0365	0.0266	0.1421	0.0623	0.2136	-49.9685	15.2585	6.2475
7	0.8838	0.0127	-0.3453	0.7791	0.0578	1.4136	-0.0498	-0.0689	-0.0179	0.0149	0.0304	0.0493	-0.0138	-0.0293	0.0126	0.2131	0.0131	0.0146	0.1596	0.0468	0.2024	-52.5791	23.7285	6.6459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 60 through 128 )	A	60 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 129 through 244 )	A	129 - 244
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 245 through 409 )	A	245 - 409
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 59 through 131 )	B	59 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 132 through 151 )	B	132 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 152 through 244 )	B	152 - 244
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 245 through 409 )	B	245 - 409

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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