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万見
- PDB-5yet: Structure of R354_WT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yet
タイトルStructure of R354_WT
要素Uncharacterized protein R354
キーワードNUCLEAR PROTEIN / MIMIVIRE / Cas4-like / nuclease / R354
機能・相同性Putative phage-type endonuclease / YqaJ viral recombinase / YqaJ-like viral recombinase domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / Uncharacterized protein R354
機能・相同性情報
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.806 Å
データ登録者Dou, C. / Yu, M.J. / Gu, Y.J. / Cheng, W.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2018
タイトル: Structural and Mechanistic Analyses Reveal a Unique Cas4-like Protein in the Mimivirus Virophage Resistance Element System.
著者: Dou, C. / Yu, M. / Gu, Y. / Wang, J. / Yin, K. / Nie, C. / Zhu, X. / Qi, S. / Wei, Y. / Cheng, W.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein R354
B: Uncharacterized protein R354


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4692
ポリマ－94,4692
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area41250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.846, 57.809, 99.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein R354


分子量: 47234.547 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 139-537 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_R354 / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: Q5UQV1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM ammonium tartrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.806→48.949 Å / Num. obs: 22531 / % possible obs: 85.48 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 13.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
PHENIXデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.806→48.949 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1059 4.7 %
Rwork0.1945 --
obs0.1967 22530 85.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.806→48.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6617 0 0 49 6666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4959137
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0554101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041959
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8057-2.93340.316820.27131570X-RAY DIFFRACTION51
2.9334-3.0880.33321200.26532261X-RAY DIFFRACTION73
3.088-3.28150.27431550.24422527X-RAY DIFFRACTION82
3.2815-3.53480.31731220.2352751X-RAY DIFFRACTION88
3.5348-3.89040.25391410.19652922X-RAY DIFFRACTION93
3.8904-4.4530.19951410.16963112X-RAY DIFFRACTION98
4.453-5.6090.21371440.16053105X-RAY DIFFRACTION99
5.609-48.95660.19051540.16943223X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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