[日本語] English
万見
- PDB-5yep: Crystal structure of SO_3166-SO_3165 from Shewanella oneidensis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yep
タイトルCrystal structure of SO_3166-SO_3165 from Shewanella oneidensis
要素
  • Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
  • Toxin-antitoxin system toxin HepN family
キーワードANTITOXIN/TOXIN / toxin-antitoxin / HEPN-MNT / ANTITOXIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein adenylyltransferase / toxin-antitoxin complex / RNA nuclease activity / nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Polymerase beta, nucleotidyltransferase / Polymerase beta, Nucleotidyltransferase / Ribonuclease HepT-like / tRNA nuclease HepT-like superfamily / : / Ribonuclease HepT-like / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA nuclease HepT / Protein adenylyltransferase MntA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jia, X. / Gao, Z.Q. / Zhang, H. / Dong, Y.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
NSFC31670059 中国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function analyses reveal the molecular architecture and neutralization mechanism of a bacterial HEPN-MNT toxin-antitoxin system.
著者: Jia, X. / Yao, J. / Gao, Z. / Liu, G. / Dong, Y.H. / Wang, X. / Zhang, H.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
B: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
C: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
D: Toxin-antitoxin system toxin HepN family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4834
ポリマ－64,4834
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25570 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)56.610, 224.380, 53.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Toxin-antitoxin system antidote Mnt family


分子量: 15723.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH7
#2: タンパク質 Toxin-antitoxin system toxin HepN family


分子量: 16253.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH6

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Bicine (pH 8.6), 14% PEG6000 and 8% Ethlene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14273 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.93
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique obs: 1904 / CC1/2: 0.949 / Rrim(I) all: 0.694 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→48.15 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 713 5 %
Rwork0.2671 --
obs0.2686 14273 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4145 0 0 0 4145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5475665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3972580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.23160.36421380.34662626X-RAY DIFFRACTION100
3.2316-3.55670.3281410.31582689X-RAY DIFFRACTION100
3.5567-4.07120.32851410.26952675X-RAY DIFFRACTION100
4.0712-5.12830.26181430.24742710X-RAY DIFFRACTION100
5.1283-48.15660.2821500.24732860X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る