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- PDB-5yek: Crystal structure of BioQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yek
タイトルCrystal structure of BioQ
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BioQ / DNA complex / TetR family
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, TetR family protein / Transcriptional regulator, TetR family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.191 Å
データ登録者Yan, L. / Guan, Z.Y. / Zou, T.T.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Structural insights into operator recognition by BioQ in the Mycobacterium smegmatis biotin synthesis pathway.
著者: Yan, L. / Tang, Q. / Guan, Z. / Pei, K. / Zou, T. / He, J.
履歴
登録2017年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4142
ポリマ－50,4142
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area17590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.905, 193.941, 54.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-304-

HOH

21B-321-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator / BioQ


分子量: 25207.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEI_3111 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I7FDJ0, UniProt: A0QX69*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 19546 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 9.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YEJ

5yej


解像度: 2.191→48.485 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 950 4.86 %
Rwork0.212 --
obs0.2137 19537 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.191→48.485 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2582 0 0 74 2656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2383551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.247927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1906-2.30610.29731200.25872598X-RAY DIFFRACTION97
2.3061-2.45060.30381420.23912662X-RAY DIFFRACTION100
2.4506-2.63980.28171250.24192664X-RAY DIFFRACTION100
2.6398-2.90540.29941530.23552657X-RAY DIFFRACTION100
2.9054-3.32580.2741450.23872644X-RAY DIFFRACTION100
3.3258-4.18980.21551370.19262679X-RAY DIFFRACTION100
4.1898-48.49710.21731280.1922683X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.0841 Å / Origin y: -51.8782 Å / Origin z: 124.2577 Å
111213212223313233
T0.2843 Å2-0.0115 Å20.0152 Å2-0.3391 Å20.0071 Å2--0.1603 Å2
L2.2927 °2-0.2077 °20.0353 °2-1.8219 °20.3537 °2--0.3785 °2
S0.0427 Å °0.3587 Å °-0.0335 Å °-0.1601 Å °-0.0472 Å °-0.083 Å °0.0049 Å °0.0017 Å °0.0052 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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