PDB-5yei: Mechanistic insight into the regulation of Pseudomonas aeruginosa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yei

タイトル

Mechanistic insight into the regulation of Pseudomonas aeruginosa aspartate kinase

要素

(Aspartokinase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Pseudomonas aeruginosa / aspartate kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate kinase / aspartate kinase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Li, C. / Yang, M. / Liu, L. / Peng, C. / Li, T. / He, L. / Song, Y. / Zhu, Y. / Bao, R.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic insights into the allosteric regulation of Pseudomonas aeruginosa aspartate kinase.
著者: Li, C. / Yang, M. / Liu, L. / Li, T. / Peng, C. / He, L. / Song, Y. / Zhu, Y. / Shen, Y. / Yang, J. / Zhao, N. / Zhao, C. / Zhou, Q. / Li, H. / Kang, M. / Tong, A. / Tang, H. / Bao, R.

履歴

登録	2017年9月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yei	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3aawS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x6s-d 2x6n-d 2x74-d 4nh0-1 4nh0-2 4hre-1 1q7m-d 5lp4-d 4hre-2 1q7q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (3) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

D: Aspartokinase

B: Aspartokinase

F: Aspartokinase

C: Aspartokinase

H: Aspartokinase

G: Aspartokinase

A: Aspartokinase

E: Aspartokinase

ヘテロ分子

251 kDa, 8 ポリマー
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1

D: Aspartokinase

B: Aspartokinase

C: Aspartokinase

A: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
125 kDa, 4 ポリマー
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2

F: Aspartokinase

H: Aspartokinase

G: Aspartokinase

E: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.459, 171.793, 88.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 8分子 DBFHCGAE

#1: タンパク質	Aspartokinase / Aspartate kinase 分子量: 17750.230 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 249-412 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: lysC, PA0904 / プラスミド: pET-22b (+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69077, aspartate kinase
#2: タンパク質	Aspartokinase / Aspartate kinase 分子量: 44437.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: lysC, PA0904 / プラスミド: pET-22b (+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69077, aspartate kinase

#1: タンパク質

Aspartokinase / Aspartate kinase

分子量: 17750.230 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 249-412 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lysC, PA0904 / プラスミド: pET-22b (+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69077, aspartate kinase

#2: タンパク質

Aspartokinase / Aspartate kinase

分子量: 44437.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lysC, PA0904 / プラスミド: pET-22b (+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69077, aspartate kinase

-
非ポリマー , 4種, 191分子

#3: 化合物	ChemComp-THR / THREONINE / トレオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₄H₉NO₃
#4: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.4 M ammonium sulfate 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 0.9 M lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40.9 Å / Num. obs: 106886 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 7.52
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / R_sym value: 0.665 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1-2155_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AAW

3aaw

解像度: 2.301→40.091 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2574	5272	4.93 %
R_work	0.2222	-	-
obs	0.2239	106872	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→40.091 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16651	0	122	176	16949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	16957
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.715	22959
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.615	6210
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.129	2822
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2961

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.301-2.3272	0.3682	150	0.326	2912	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3272-2.3545	0.39	199	0.3278	3301	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3545-2.3832	0.3715	178	0.319	3294	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3832-2.4134	0.3313	173	0.3072	3364	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4134-2.4452	0.3326	186	0.305	3321	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4452-2.4787	0.3481	175	0.2968	3374	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4787-2.5141	0.3569	154	0.2969	3355	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5141-2.5516	0.3184	150	0.2936	3368	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5516-2.5914	0.3037	188	0.2789	3381	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5914-2.6339	0.3304	182	0.2765	3374	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6339-2.6793	0.3295	177	0.2635	3380	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6793-2.728	0.3074	148	0.2596	3396	X-RAY DIFFRACTION	97
2.728-2.7805	0.2849	181	0.2692	3350	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7805-2.8372	0.3458	212	0.2705	3350	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8372-2.8989	0.3111	153	0.2731	3375	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8989-2.9663	0.307	232	0.2602	3402	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9663-3.0405	0.2975	184	0.2475	3366	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0405-3.1227	0.2465	181	0.2433	3391	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1227-3.2145	0.283	138	0.234	3470	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2145-3.3182	0.2847	184	0.2358	3399	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3182-3.4368	0.2501	158	0.2208	3493	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4368-3.5743	0.2319	145	0.2151	3488	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5743-3.7368	0.253	135	0.206	3453	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7368-3.9337	0.2162	149	0.2038	3463	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9337-4.1799	0.2375	175	0.1881	3467	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1799-4.5022	0.1839	199	0.1633	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5022-4.9546	0.1992	182	0.1641	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9546-5.6698	0.2431	169	0.1851	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6698-7.1368	0.2402	209	0.2178	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1368-40.0967	0.2003	226	0.176	3483	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0001	2.0001	2.0002	2.0001	1.9999	2.0001	-0.3721	0.0988	0.6556	-0.2117	0.0458	0.2674	-0.6299	-0.0107	0.3204	0.4512	0.4127	0.2004	0.2218	0.1321	0.806	39.7393	9.5024	49.7936
2	2.0007	1.9993	1.9998	2	2.0003	1.9997	0.0364	0.3974	-0.6136	0.0003	0.2083	-0.2288	-0.699	0.579	-0.3673	0.4775	-0.1836	0.0251	0.3372	-0.1035	0.5295	46.4741	-8.0431	69.2402
3	2.0002	1.9997	1.9998	1.9998	-4.7828	1.9998	0.395	0.5161	-0.0223	0.7135	-0.2385	-0.3238	-0.5228	0.5506	-0.1825	0.4123	0.3162	-0.0512	0.6119	-0.1439	0.4549	56.7076	-78.0257	-21.4763
4	0.7426	-2.8555	-1.5038	2	5.1289	3.0757	0.0154	0.0589	-0.0744	-0.0048	-0.0196	0.0909	-0.0015	-0.0037	-0.0041	0.3103	-0.0708	-0.031	0.3325	0.0091	0.3592	12.0357	-2.2347	62.1191
5	7.3647	1.9999	9.6465	2.0001	1.9995	2.0003	0.1042	-0.0573	-0.0275	0.0203	-0.0762	0.2017	0.1486	-0.0458	-0.0376	0.5693	-0.111	-0.1031	0.4109	-0.0588	0.2862	11.511	-73.2274	-17.7483
6	8.6236	-4.6413	-9.045	4.6686	8.1801	2	0.1097	0.0612	0.0409	-0.0702	-0.0609	0.0236	0.1332	0.1312	-0.0347	0.2157	-0.0408	0.4274	0.0654	0.7324	-0.6054	44.7517	-66.905	-22.5371
7	1.9999	-2.8543	1.9998	1.9997	-5.9311	2.0001	0.0188	-0.2785	-0.1403	-0.1715	-0.0661	-0.2092	0.305	0.4149	0.0392	0.2619	-0.0451	-0.0228	0.5106	0.0312	0.3238	57.5233	2.379	66.0947
8	2	5.884	-9.3349	1.9999	2.0001	1.9999	0.1697	0.0277	0.2019	0.1148	0.138	-0.5422	-0.0126	0.1579	-0.2851	0.7657	-0.273	-0.2043	0.3633	0.2071	0.7593	18.2157	-22.6611	75.8256
9	2.0003	1.9999	-4.8761	2.0007	2.0009	2.0002	0.0807	0.2191	0.1409	-0.3512	0.0814	0.729	0.1067	-0.2928	-0.1824	0.4001	0.0958	0.1118	0.4849	0.1286	0.4656	0.0992	-5.6398	72.7741
10	2.0001	-8.7057	7.692	2.0001	3.2125	2.0001	-0.1082	0.1239	0.0126	-0.2059	0.2677	-0.7081	-0.3068	0.4746	-0.1347	0.7219	-0.049	0.2672	0.4585	0.1706	0.7039	17.0617	-52.8847	-31.5014
11	1.9999	-2.503	-2.0484	2.0005	2.9662	2.0002	0.308	0.076	0.143	0.5418	0.0711	0.8417	-0.5044	-0.4593	-0.3508	0.3822	-0.0889	0.0146	0.4033	-0.0682	0.5062	-0.6331	-69.8546	-28.2453
12	2.0001	1.9995	1.9999	1.9996	1.9997	2.0001	-0.0787	0.0347	-0.2561	0.1195	-0.0374	0.309	0.0875	-0.2929	0.1118	0.362	-0.1223	0.0578	0.5807	0.0744	0.236	38.8119	-84.8707	-5.3981
13	0.0155	0.002	0.013	0.0194	-0.0165	0.0094	0.0688	-0.1586	-0.2189	0.0615	0.2255	-0.1027	-0.2026	-0.2103	0	0.4141	-0.0246	0.0831	0.5231	-0.0474	0.3684	32.5207	-6.491	52.2448
14	0.4489	-0.2337	-0.194	0.3162	-0.0525	0.1663	0.0537	-0.0661	0.0965	-0.0382	-0.0049	0.0442	0.0347	-0.104	0.0011	0.2021	0.0055	0.0088	0.2369	-0.0013	0.1558	43.9207	3.0553	63.1543
15	0.0189	-0.0005	0.1059	0.0265	0.0581	0.1155	-0.0682	-0.3154	0.0949	-0.03	0.0597	0.0626	-0.0383	-0.1123	0.0056	0.2038	0.0034	0.0243	0.3524	-0.0148	0.1694	33.513	-1.8981	50.7626
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20	0.0083	-0.0122	-0.0079	0.0072	0.0129	0.0008	0.1461	-0.0756	-0.0109	-0.0643	-0.0116	-0.0143	-0.0914	-0.1768	-0	0.2623	-0.0176	0.0417	0.3508	-0.0108	0.1842	38.6736	-73.7957	1.026
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42	0.5668	-0.1148	-0.2505	0.3999	-0.091	0.1539	0.0211	-0.0316	-0.0376	0.0256	-0.0013	-0.1023	-0.0036	-0.0281	0.0042	0.1018	0.0096	-0.0099	0.111	-0.0101	0.0719	52.6126	-73.0442	-9.8812
43	0.0514	0.0387	-0.1703	0.5169	0.3131	0.3063	0.037	0.0885	-0.1081	-0.0451	-0.0105	0.0012	0.0411	-0.2181	0.2381	0.2944	-0.0484	-0.0183	0.3015	-0.045	0.2535	10.8197	-47.6233	17.9824
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45	0.0183	-0.0037	0.0856	0.0714	-0.0149	0.0377	-0.1006	-0.1603	-0.0209	-0.3088	0.082	0.2524	-0.0504	-0.1386	0	0.6404	-0.1013	0.0364	0.4298	-0.0951	0.3053	9.9044	-60.7065	7.2654
46	0.5966	0.1615	0.0951	0.4211	-0.0055	0.4198	-0.0347	0.01	0.2221	-0.0634	0.0278	-0.0835	-0.0746	-0.0772	-0.0025	0.2399	-0.0119	0.023	0.194	-0.001	0.2859	3.3901	-59.5875	-21.0597

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 250 through 263 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 264 through 373 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 374 through 405 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 250 through 263 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 264 through 276 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 277 through 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 298 through 350 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 351 through 367 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 368 through 380 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 381 through 405 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 253 through 260 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 261 through 288 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 289 through 312 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 313 through 340 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 341 through 373 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 374 through 380 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 381 through 403 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 2 through 183 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 184 through 237 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 238 through 406 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 250 through 276 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 277 through 380 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 381 through 405 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 2 through 163 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 164 through 212 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 213 through 237 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 238 through 406 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'A' and (resid 2 through 183 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'A' and (resid 184 through 237 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'A' and (resid 238 through 406 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 2 through 163 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 164 through 212 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 213 through 237 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 238 through 406 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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