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- PDB-5ydv: Regulatory domain of HypT from Salmonella typhimurium complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ydv
タイトルRegulatory domain of HypT from Salmonella typhimurium complexed with HOCl (HOCl-bound form)
要素Cell density-dependent motility repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HypT / HOCl / HOCl-specific transcription factor / LysR-type transcription regulator / Hypochlorous acid / hypochlorite / regulatory domain
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
hypochlorous acid / Cell density-dependent motility repressor / LysR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.752 Å
データ登録者Jo, I. / Hong, S. / Ahn, J. / Ha, N.C.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for HOCl recognition and regulation mechanisms of HypT, a hypochlorite-specific transcriptional regulator.
著者: Jo, I. / Kim, D. / No, T. / Hong, S. / Ahn, J. / Ryu, S. / Ha, N.C.
履歴
登録2017年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell density-dependent motility repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0363
ポリマ－23,8871
非ポリマー1492
水3,207178
1
A: Cell density-dependent motility repressor
ヘテロ分子

A: Cell density-dependent motility repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0726
ポリマ－47,7752
非ポリマー2974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2530 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.293, 63.293, 101.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-560-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cell density-dependent motility repressor / Quorum-sensing regulator protein D


分子量: 23887.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HOCl (or hypochlorite ion) sulfate ion
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: qseD_2, DD95_15310, STMU2UK_04484 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0J5DK07, UniProt: Q7CP75*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-8TR / hypochlorous acid / 次亜塩素酸


分子量: 52.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: ClHO
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium cacodylate (pH 6.5), and 30%(v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 21030 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 42.61
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 4.98 / Num. unique obs: 1032 / Rpim(I) all: 0.112 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YDO

5ydo


解像度: 1.752→19.48 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 23.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 1017 4.94 %
Rwork0.2087 --
obs0.2109 20597 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.752→19.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1679 0 7 178 1864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7742342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8721443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.752-1.84430.28711390.25242447X-RAY DIFFRACTION87
1.8443-1.95970.2811400.23052835X-RAY DIFFRACTION99
1.9597-2.11090.28431440.22022857X-RAY DIFFRACTION100
2.1109-2.3230.26331460.2122862X-RAY DIFFRACTION100
2.323-2.65840.2321330.21252926X-RAY DIFFRACTION100
2.6584-3.34660.26231720.20452902X-RAY DIFFRACTION100
3.3466-19.48080.23051430.19192751X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71710.01750.78472.16270.18222.37210.16740.079-0.0765-0.3164-0.04460.04840.05760.05490.04240.06940.0475-0.04450.16720.04660.170240.292315.300337.8984
22.05390.1425-0.04251.50780.30011.99090.0310.0831-0.1148-0.2518-0.0146-0.06650.2094-0.2687-0.0420.03930.02310.02470.1608-0.02610.106126.417514.194519.964
33.03670.2626-1.46012.1156-0.83913.7487-0.0789-0.0606-0.2365-0.0653-0.1208-0.0378-0.0109-0.23980.10640.13260.06730.03660.14050.03730.090328.505317.939414.9905
41.28840.79581.29750.53171.19325.07850.2847-0.3113-0.21370.2289-0.2438-0.14380.5703-0.20560.05950.1375-0.065-0.0250.21530.09460.183732.312610.061542.004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 95 through 154 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 194 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 195 through 270 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 271 through 302 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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