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万見
- PDB-5ydg: Crystal structure of the Arabidopsis thaliana chloroplast RNA edi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ydg
タイトルCrystal structure of the Arabidopsis thaliana chloroplast RNA editing factors 2(MORF2)
要素Multiple organellar RNA editing factor 2, chloroplastic
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA editing / MORFS / Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage of tetracistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA, 4.5S-rRNA, 5S-rRNA) / plastid organization / cytidine to uridine editing / chloroplast / mRNA processing / protein dimerization activity / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
MORF/ORRM1/DAG-like / : / Multiple organellar RNA editing factor 1, MORF domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiple organellar RNA editing factor 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.405 Å
データ登録者Wang, X. / Yang, J.Y. / Wang, Y.L. / Gao, Y.S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the chloroplast RNA editing factor MORF2
著者: Yang, J. / Zhang, M. / Wang, X.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multiple organellar RNA editing factor 2, chloroplastic
B: Multiple organellar RNA editing factor 2, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3302
ポリマ－26,3302
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.209, 85.880, 86.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Multiple organellar RNA editing factor 2, chloroplastic / Protein DIFFERENTIATION AND GREENING-like 1 / Protein DAG-like 1 / RNA editing-interacting protein 2


分子量: 13164.773 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 79-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MORF2, DAL1, RIP2, At2g33430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22793
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 11069 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 36.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.493.80.44511180.7890.2660.5220.8499.7
2.49-2.593.80.36711230.8420.2230.4330.84999.7
2.59-2.73.80.3211470.8460.1930.3771.02299.8
2.7-2.853.80.22811140.9630.1360.2670.85199.3
2.85-3.023.80.15211460.9690.090.1770.81999.7
3.02-3.263.80.1211440.9820.070.140.83199.5
3.26-3.583.70.111330.9810.0590.1170.91398.3
3.58-4.13.40.0797890.9870.0470.0930.95467.4
4.1-5.173.50.06611480.9910.040.0770.79797.3
5.17-503.40.05312070.9930.0330.0630.5494.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASERMR位相決定
精密化解像度: 2.405→28.644 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 472 4.73 %
Rwork0.2038 --
obs0.2059 9973 86.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.7 Å2 / Biso mean: 51.44 Å2 / Biso min: 29.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.405→28.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1824 0 0 43 1867
Biso mean---55.08 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9032535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.875721
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4054-2.75330.30631200.22952675279574
2.7533-3.46790.2471860.22713500368696
3.4679-28.64560.23371660.18493326349287
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.5512 Å / Origin y: -1.7505 Å / Origin z: -14.8697 Å
111213212223313233
T0.3675 Å2-0.0012 Å2-0.0045 Å2-0.3648 Å20.0313 Å2--0.3456 Å2
L1.1431 °2-0.2678 °2-0.1352 °2-0.9342 °20.6767 °2--0.8022 °2
S-0.0344 Å °0.097 Å °0.034 Å °-0.0307 Å °0.0288 Å °0.0406 Å °-0.0365 Å °0.0096 Å °-0.0158 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA79 - 192
2X-RAY DIFFRACTION1allB79 - 194
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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