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- PDB-5ydb: Crystal structure of the complex of type II dehydroquinate dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ydb
タイトルCrystal structure of the complex of type II dehydroquinate dehydratase from Acinetobacter baumannii with dehydroquinic acid at 1.76 Angstrom resolution
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3,4-TRIHYDROXY-5-OXO-CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Iqbal, N. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of type II dehydroquinate dehydratase from Acinetobacter baumannii with dehydroquinic acid at 1.76 Angstrom resolution
著者: Iqbal, N. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2017年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,59012
ポリマ－64,7384
非ポリマー8538
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area25130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)139.117, 139.117, 79.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase


分子量: 16184.426 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア)
株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: aroQ, A1S_2009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3M692, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-DQA / 1,3,4-TRIHYDROXY-5-OXO-CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID / 3-DEHYDROQUINIC ACID


分子量: 190.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H10O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M Cadmium sulfate hydrate, 0.1M HEPES, PH 7.5, IM Sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月5日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→69.56 Å / Num. obs: 56929 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B6P

5b6p


解像度: 1.76→69.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 10.02 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24766 2666 4.8 %RANDOM
Rwork0.19723 ---
obs0.19926 53283 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.171 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.76→69.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4484 0 56 202 4742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0194626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1531.966303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.222310345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5125576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12724.244205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.4515755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5061525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1283.6492316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1223.6472315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8325.4472888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8315.452889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7184.2082310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7144.2052306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5016.1683412
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.90934.70119332
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.90934.69919331
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 227 -
Rwork0.369 3758 -
obs--94.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84890.28110.18570.17870.13030.32220.0865-0.07660.01950.0281-0.04720.00370.0335-0.0599-0.03940.0572-0.02220.02470.09220.0320.1032-17.0506-5.1799-26.8503
20.1964-0.07280.02090.3426-0.16161.1050.0377-0.0062-0.07560.00230.03660.0481-0.004-0.1661-0.07430.0088-0.0027-0.0230.12610.0550.1331-31.2141-7.1055-47.0185
30.733-0.04250.02510.72470.06990.32230.02090.1330.0057-0.0335-0.02980.0073-0.0269-0.07040.00890.05060.0371-0.0390.13470.03220.0706-25.82548.9275-72.6231
41.37870.3135-0.07640.25980.22210.3089-0.02520.22940.31140.03330.0430.07780.0444-0.0172-0.01780.0420.00010.00330.07770.11830.1827-8.92526.7006-71.357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 147
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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