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万見
- PDB-5ycz: Crystal structure of Alocasin, protease inhibitor from Giant Taro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ycz
タイトルCrystal structure of Alocasin, protease inhibitor from Giant Taro (Arum macrorrhizon)
要素Trypsin/chymotrypsin inhibitor
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / Protease inhibitor (プロテアーゼ阻害剤) / Storage protein (貯蔵タンパク質) / Tubers / Alocasia (クワズイモ属) / Alocasin / Kunitz type
機能・相同性Proteinase inhibitor A/B / negative regulation of peptidase activity / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Trypsin/chymotrypsin inhibitor
機能・相同性情報
生物種Alocasia macrorrhizos (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Vajravijayan, S. / Pletnev, S. / Nandhagopal, N. / Gunasekaran, K.
引用ジャーナル: Pest Manag. Sci. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of a novel Kunitz type inhibitor, alocasin with anti-Aedes aegypti activity targeting midgut proteases.
著者: Vajravijayan, S. / Pletnev, S. / Pletnev, V.Z. / Nandhagopal, N. / Gunasekaran, K.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin/chymotrypsin inhibitor
B: Trypsin/chymotrypsin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5862
ポリマ－39,5862
非ポリマー00
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.446, 51.446, 298.184
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Trypsin/chymotrypsin inhibitor


分子量: 19793.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alocasia macrorrhizos (植物) / 参照: UniProt: P35812
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH7.5). 1.6 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 14759 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 83766
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5940.82314010.5560.4220.9370.68497.9
2.59-2.694.80.71614420.6120.3430.8030.70599.6
2.69-2.825.60.64414200.7550.2950.7140.696100
2.82-2.966.20.44614370.8630.1990.4910.729100
2.96-3.156.30.33414690.9150.1470.3670.75299.9
3.15-3.396.20.18914680.960.0830.2070.81199.8
3.39-3.736.20.12414660.9710.0540.1361.01299.5
3.73-4.275.90.09114990.9810.040.11.30998.5
4.27-5.385.80.06514740.9770.0290.0721.22997.6
5.38-305.70.04416830.9940.020.0490.84299

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.502→29.354 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2989 680 5 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
obs0.2215 13596 91.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.12 Å2 / Biso mean: 41.3613 Å2 / Biso min: 13.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.502→29.354 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2636 0 0 102 2738
Biso mean---38.82 -
残基数----350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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